氣相色譜和高效液相色譜的分析也應用到致病微生物的檢測中，主要是依據不同病原體的化學組成或所產生的代謝產物各異，利用上述色譜檢查可直接分析各種體液中的細菌代謝產物、細菌中的脂肪酸、蛋白、氨基酸、多肽、多糖等，以確定病原微生物的特異性化學標誌成分，協助病原診斷和檢測，其中以氣相色譜應用較多。盡管該法具有簡單、快速、可靠，在數小時內即可得出結果的特點，但由於使用的儀器設備相對比較昂貴，所以不適應現場的快速檢測，特別是食品加工過程中的HACCP中的關鍵控製點的檢測；另外其特異性也是不明顯的。
a.API係統 APl包括15個鑒定係列、550多個細菌種。APl 20E為腸杆菌科細菌鑒定係統含有20種生化反應底物；APl 20A為厭氧菌鑒定係統；API STAPH為葡萄球菌及微球菌鑒定係統；API LIS為李斯特氏菌鑒定係統；API CAMPY為彎曲杆菌鑒定係統；APl係統采用數值鑒定法，配有計算機Apl-LAB Plus軟件。能夠判斷許多非典型鑒定模式，鍵入生化反應結果或輸入數值編碼，可立刻獲得鑒定結果報告。
b.EnterotubeⅡ 此為一模製的塑料管有如鋼筆形狀，每管等分為12個小格，每格含有標準生化試驗的瓊脂培養基，管內有一根貫穿全管的接種針，可自分離子板上挑取單個菌落，由管的一端向縱深延伸，經中心接種至管的另一端培養基中。接種培養後，根據顏色變化按其鑒定手冊判定結果。
c.Micro—ID(Organon Teknika公司產品)是應用於李斯特菌鑒定的微生物快速鑒定係統。試劑盒備有浸滲過試劑的濾紙條，用以檢測李斯特氏菌所具有的特異性酶或代謝反應，鑒定結果可根據濾紙顏色的變化來判定。
d. ATBR 鑒定紙條 (bioMerieux Vitek公司產品)包括有鑒定腸杆菌、鏈球菌、厭氧菌、酵母菌、革蘭氏陰性杆菌、葡萄球菌和微球菌等細菌32個生化試驗，這些生化試驗或根據含碳物質的代謝，或根據產生顏色的反應來進行鑒定。
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