細菌感染後宿主體內抗體的檢測方法有：輔助診斷腸熱症的肥達試驗，輔助診斷立克次體病的外斐試驗，診斷鉤端螺旋體感染的顯微鏡凝集試驗等直接凝集試驗。酶聯免疫吸附試驗，膠乳凝集試驗。
細菌抗原的測定方法有：凝集試驗：玻片法凝集試驗、膠乳凝集法、協同凝集試驗、反向間接血凝試驗。免疫熒光技術：直接法、間接法。莢膜腫脹試驗。酶聯免疫吸附試驗。
非特異性凝集素的測定有：與原發性非典型性肺炎相關的冷凝集試驗；用於診斷傳染性單核細胞增多症的嗜異性凝集試驗。
二、細菌感染的分子生物學檢測
（一）常用的分子生物學技術
1.核酸雜交 常用的雜交技術有：斑點雜交、southern印跡、原位雜交、Northern印跡等。探針的種類有全染色體DNA探針、染色體克隆片段DNA探針、質粒DNA探針、rRNA基因探針、寡核苷酸探針等。
2.核酸擴增技術 核酸擴增技術是分子生物學中最具有重大意義的技術之一。對核酸進行擴增的方法很多，如聚合酶鏈反應（polymerase chain reaction ,PCR）、連接酶鏈反應、自保留序列擴增及Q-beta擴增等。以聚合酶鏈反應最為廣泛應用。
PCR技術在細菌的快速檢測、細菌的毒素基因檢測、細菌的耐藥性檢測及感染細菌的流行病學調查中得到日益廣泛的應用。
生物芯片是新近發展的一項對基因、蛋白質、細胞及其他生物組分進行大信息量分析的檢測技術。常用的有基因芯片（gene chips）和蛋白芯片(protein chips)。目前正在研製和評價中。
（二）鑒定感染細菌種屬的方法
1.細菌種屬的鑒定
DNA堿基組成的測定 G+C mol%含量不同的細菌，為不同種細菌；含量相同的可能為不同種的細菌。細菌的G+C mol%相當穩定，不受培養條件、菌齡和其他外界因素影響。最常用的方法是熱變性法。
DNA-DNA雜交 DNA雜交可得出DNA之間核苷酸順序的互補程度，從而推斷不同細菌基因組間的同源性。
16S rRNA同源性分析 rRNA-DNA雜交、16S rRNA序列測定、16S-23S rRNA序列測定
此外限製性內切酶長度多態性分析（RFLP）、脈衝場凝膠電泳（PFGE）、隨機引物擴增法（RAPD）等技術常用於菌株間的差異比較。
2.細菌種屬特異基因
某些基因為細菌種特有或屬共有，通過對這些基因的檢測可以鑒定細菌的種或屬。如編碼吸附和侵襲上皮細胞表麵蛋白的inv基因：invA、invB、invC、invD、invE等是一組隻存在於致病性沙門菌中的獨特的保守基因序列。鞭毛蛋白dlh基因通常隻存在於傷寒沙門菌；IS6110、IS986插入片段為結核分枝杆菌複合群所擁有等。
3.細菌毒力基因
可以測定霍亂弧菌的霍亂毒素基因、產腸毒素大腸埃希菌的耐熱（ST）和不耐熱腸毒素（LT）以及白喉棒狀杆菌的外毒素基因以示相應的細菌存在。
（三）細菌耐藥性的分子生物學檢測
1.β內酰胺類抗生素的耐藥基因
青黴素結合蛋白（PBP）基因 耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌是由mec A基因介導的耐藥，肺炎鏈球菌對青黴素耐藥是由於PBP基因突變而致。
革蘭陰性菌產生的β內酰胺酶 由質粒介導的β內酰胺酶種類繁多，可以用PCR或基因探針的方法檢測和分類，如TEM、SHV、OXA、ROB型等。
2.糖肽類抗生素耐藥基因 腸球菌對糖肽類抗生素的耐藥基因由Van A、Van B、Van C等介導，測定這些基因可以預測對萬古黴素和壁黴素的耐藥性。
3.大環內酯類抗生素耐藥基因 紅黴素甲基酶erm基因、大環內酯類泵出基因mef A、mef E、msr A等基因參與了紅黴素的耐藥。
4.喹喏酮類抗生素耐藥基因 喹喏酮類抗生素的主要耐藥機製是由於螺旋酶和拓撲酶的突變，常與gyr和par基因突變有關。
5.分枝杆菌耐藥基因 對利福平的耐藥與rpoB變異有關，對異煙肼的耐藥與kat G和inh A有關。
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