（一）正常菌群的含義
人自出生後，外界的微生物就逐漸進入人體。在正常人體皮膚、粘膜及外界相通的各種控道（如口腔、鼻咽腔、腸道和泌尿道）等部位，存在著對人體無害的微生物群，包括細菌、真菌、螺旋體、支原體等。它們在與宿主的長期進化過程中，微生物群的內部及其與宿主之間互相依存、互相製約，形成一個能進行物質、能量及基因交流的動態平衡的生態係統習慣稱之為正常菌群（Normal flora）。正常菌群大部分是長期居留於人體的又稱為常居菌，也有少數微生物是暫時寄居的，稱為過路菌。
（二）人體正常菌群的分布
皮膚上的細菌往往與個人衛生及環境情況而有所差異。最常見的是革蘭氏陽性球病，其中以表皮葡萄球菌為多見，有時亦有金黃色葡萄球菌。當皮膚受損傷時，可引起化膿性感染，如癤、痛。在外陰部與肛門部位，可找到非致病性抗酸性恥垢杆菌。
口腔中的細菌，口腔溫度適宜，含有食物殘渣，是微生物生長的良好條件。口腔中的微生物有各種球菌、乳酸杆菌、梭形菌、螺旋體和真菌等。
胃腸道的細菌，因部位而不同，胃酸的殺菌作用，健康人的空腸常無菌。若胃功能障礙，如胃酸分泌降低，尤其是胃癌時，往往出現八疊球菌、乳酸杆菌、芽胞杆菌等。成年人的空腸和回腸上部的細菌很少，甚至無菌，腸道下段細菌逐漸增多。大腸積存有食物殘渣，又有合適酸鹼度，適於細菌繁殖，菌量占糞便的1/3.大腸中微生物的種類繁多，主要有大腸杆菌、脆弱類杆菌、雙歧杆菌、厭氧性球菌等，其他還有乳酸杆菌、葡萄球菌、綠膿杆菌、變形杆菌、真菌等。
呼吸道的細菌，鼻腔和咽部經常存在葡萄球菌、類白喉杆菌等。在咽喉及扁桃體粘膜上，主要是甲型鏈球菌和卡他球菌占優勢，此外還經常存在著潛在致病性微生物如肺炎球菌、流感杆菌、乙型鏈球菌等。正常人支氣管和肺泡是無菌的。
泌尿生殖道的細菌，正常情況下，僅在泌尿道外部有細菌存在，如男性生殖器有恥垢杆菌，尿道口有葡萄球菌和革蘭氏陰性球菌及杆菌；女性尿道外部與外陰部菌群相仿，除恥垢杆菌外，還有葡萄球菌、類白喉杆菌和大腸杆菌等。陰道內的細菌隨著內分泌的變化而異。從月經初潮至絕經前一般多見的為陰道杆菌（乳酸杆菌類）；而月經初潮前女孩及絕經期後婦女，陰道內主要細菌有葡萄球菌、類白喉杆菌、大腸杆菌等。
機體的多數組織器官是無菌的，若有侵入的細菌未被消滅，則可引起傳染。因而在醫療實踐中，當手術、注射、穿刺、導尿時，應嚴格執行無菌操作，以防細菌感染。
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