1.單染色法：用一種染料將細菌和周圍物體染成同一種顏色。細菌經單染色法處理後，可觀察其形態、排列、大小及簡單的結構，但不能顯示各種細菌染色性的差異。
2.複染色法：用兩種或兩種以上的染料染色的方法，稱為複染色法或鑒別染色法。常用的有革蘭染色法和抗酸染色法。
（1）革蘭染色：本法是細菌學中最經典、最常用的染色方法。除糞便、血液等極少數標本外，絕大多數標本在分離培養之前都要進行革蘭染色、鏡檢。
意義：①鑒別細菌：通過革蘭染色將所有細菌分為G+菌和G-菌兩大類，可初步識別細菌，縮小範圍，有助於進一步鑒定。甚至有時結合細菌特殊形態結構及排列方式，對病原菌可進行初步鑒定。②選擇藥物參考：G+菌與G-菌對一些抗生素表現出不同的敏感性。③與致病性有關： 大多G+菌的致病物質是外毒素，而G-菌大多能產生內毒素，兩種致病作用不同。
（2）抗酸染色：抗酸染色也可將細菌分為兩大類：即抗酸性細菌和非抗酸性細菌。因為臨床上絕大多數病原菌為非抗酸性細菌，所以抗酸染色不作為臨床上常規的細菌檢查項目，隻針對性用於結核病、麻風病等的細菌檢查。疑似結核分枝杆菌感染的標本，經抗酸染色後以油鏡檢查，即可作出初步鑒定。若查見紅色抗酸杆菌，可報告為“找到抗酸分枝杆菌”。對臨床疾病的診斷和治療具有重要參考價值。
3.熒光染色：熒光染色法敏感性強，效率高而且容易觀察結果，在臨床細菌鑒定中有很大的實用價值。主要用於結核分枝杆菌、麻風分枝杆菌、白喉棒狀杆菌及痢疾誌賀菌等的檢測。如痰標本塗片、固定，用熒光染料金胺0法（也稱金胺0-羅丹明B法）染色，以熒光顯微鏡檢查，在暗背景中可觀察到呈金黃色熒光的菌球。
除以上所述染色方法外，用於細菌鑒定的還有鞭毛染色、異染顆粒染色等。
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