目前對朊病毒的研究側重兩個方麵。
其一，朊病病毒本身的分子結構、遺傳機製、增殖方式、傳遞的種間屏障、毒株的多樣性等；
其二，朊病病毒的致病機理及治療方法等。其中對有些問題已有了實質性的進展。
2000年2月，美國政府宣布，在用老鼠做實驗後發現，環四吡咯（cyclic tetrapyrrole）可用於治療和預防“瘋牛病”及相關疾病。盡管朊病毒的研究取得了許多成績，但目前還有許多問題尚待解決。例如，朊病毒一個感染單位是許多PrPsc分子的聚合物還是若幹個PrPsc分子混合物中為數不多的某種特殊分子；PrPc和PrPsc的精確結構及其在轉變中產生的結構變化；體外試驗產主的PrPc有無感染性；毒株多樣性形成的機製；PrP的生理機能；朊病毒進入腦的通路和其與腦病變的關係；朊病毒病的診斷標準、防治藥物、流行趨勢預測等。
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