微生物在食品中扮演的角色
也許大家都有過這樣的經驗，在大熱天從市場買回的一塊豬肉放在廚房，沒有立刻把它放在冰箱中，經過幾個鍾頭後可能就會發出一些腐臭味；又如買回來的鮮奶雖然放在冰箱中，但日子久些常會發現有變酸、凝結的情形。此外某一學校的學生吃了便當後發生上吐下瀉集體中毒的新聞也時有所聞。這些我們都已經了解可能是微生物在食物中生長，造成食品品質劣變或造成不適於食用的結果。
從市場購買回來的食物，除非在工廠裏經過完全的滅菌處理，否則這些食物一定含有許多微生物。雖然微生物的種類很多，但細菌、酵母菌、黴菌和病毒乃是食物中最主要的微生物。食品中所含的這些微生物，是原料中原本汙染的微生物在經過其後一連串處理、加工、保藏等措施後仍然存活，或由於再汙染而存在的。
一般情況下若食品中汙染的微生物數目多，可能保藏的期限就較短，而且汙染有病原菌的機會也較高。食品中微生物汙染的主要來源包括土壤、水、空氣、植物與肥料、動物與飼料、人、加工設備、食品配料、其它食物及包裝材料等。
土壤中隱藏著許多自然界的微生物，不同地區、不同氣候、不同肥沃度的土壤中所隱藏的微生物數目與種類有極大的不同。水是微生物廣泛存在的天然環境，江、河、湖、池、井水中均有微生物存在，而水中的微生物主要來自土壤、人畜排泄物、動植物屍體等，所以食品工廠用水均須做適當的殺菌處理，以免影響食品的品質。
雖然空氣並非微生物繁殖的場所，但空氣中仍然存在著不同種類與數量的微生物，而這些微生物都是其它環境中的微生物進入空氣的結果。如土壤飛揚而起的塵埃，人與其體表的幹燥脫落物和呼吸道的排泄物等進入空氣所致。
植物本身與土壤接觸，它們的表麵甚至內部都可能含有微生物。至於動物如豬、牛等毛發、表皮、口腔及腸道內均有微生物存在，在屠宰過程中都可能再汙染至肉品上，盡管本身健康的動物其肌肉內部是無菌的，但由於加工時所使用的設備、容器等也都可能含有微生物，特別是在使用後未做適當的清洗、殺菌時，它們所含的微生物都可能再汙染到所處理或放置的食物中
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