病毒間幹擾的機製還不完全清楚，概括起來包括：病毒作用於宿主細胞，誘導產生幹擾素（interferon，IFN）。除幹擾素外，還有其它因素也能幹擾病毒的增殖，如：第一種病毒占據或破壞了宿主細胞的表麵受體或者改變了宿主細胞的代謝途徑因而阻止另一種病毒的吸附或穿入，如粘病毒等；另外，也可能是阻止第二種mRNA的轉譯，如脊髓灰質炎病毒幹擾水泡性口炎病毒；還有可能是在複製過程中產生了缺陷性幹擾顆粒（defective interfering particle，DIP），能幹擾同種的正常病毒在細胞內複製，如流感病毒在雞胚尿囊液中連續傳代，則DIP逐漸增加而發生自身幹擾。
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