1）幹擾缺損病毒。又稱幹擾缺損顆粒（defective interfering particles，DI顆粒），是病毒複製時產生的一類亞基因組的缺失突變體，必須依賴於其同源的完全病毒才能複製。DI基因組比其完全病毒小，複製更迅速，在與其完全病毒共感染時易占據優勢，從而幹擾其複製。
2）衛星病毒。寄生於與之無關的輔助病毒的基因產物的病毒。基因組缺損，必須依賴於輔助病毒才能複製，它不是由其輔助病毒的基因缺失產生的，是存在於自然界中一種絕對缺損病毒，形態結構和抗原性都與輔助病毒不同，基因組很少有同源性。衛星病毒現劃歸在亞病毒因子的衛星之中。
3）條件缺損病毒。是一類基因組發生了突變的病毒條件致死突變體，在允許條件下能夠正常繁殖，在限製條件下導致流產感染，也能幹擾野生型病毒複製。
4）整合的病毒基因組。某些溫和噬菌體和腫瘤病毒感染宿主細胞後，病毒基因組整合於宿主染色體，並隨細胞分裂傳遞給子代細胞。除非缺損的外源性RNA腫瘤病毒外，病毒整合感染的細胞沒有感染性的病毒產生，隻有在一定條件下，整合在宿主染色體的病毒基因組才能轉入複製循環，產生有感染性的病毒顆粒。
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