病毒的變異主要源於其基因組的突變和重組。病毒突變一般分為自發突變和誘導突變。自發突變是在沒有任何已知誘變劑的條件下，病毒子代產生高比例的突變體，最後導致表型變異。誘導突變則是利用不同的物理或化學誘變劑處理病毒，提高病毒群體突變率，誘導病毒子代出現特定的突變類型。DNA病毒和RNA病毒在突變頻率上有較大的差別。病毒突變類型可從多層次、不同水平進行分類，但目前作為研究工具的突變體類型主要有無效突變體、溫度敏感突變體、蝕斑突變體、宿主範圍突變體、抗藥性突變體、抗原突變體、回複突變體等。
病毒重組一般通過分子內重組、拷貝選擇和基因重配三種機製完成。分子內重組需要核酸分子的斷裂及其它核酸分子的再連接，拷貝選擇不涉及核酸分子的共價鍵斷裂，基因重配則是具分段基因組病毒之間核酸片段交換，基因組各片段在子代病毒中隨機分配。病毒重組機製不同，其重組頻率有很大差別，且RNA分段基因組病毒同型不同株病毒間的重組經重組重配機製進行，其重組率可高達50%.通過病毒重組，可構建表達特定外源基因的重組病毒，可使滅活病毒經交叉感染或複感染得以複活，這在病毒的研究和利用上都具有重要意義。
病毒表型突變除了源於基因組的突變和重組外，還有一些非遺傳因素影響病毒變異。無囊膜病毒的轉殼、表型混雜及具囊膜病毒的偽型病毒都可使病毒的表型發生改變。病毒的同源幹擾、缺陷幹擾及缺陷病毒的存在也會對病毒表型變化產生影響。
如何利用病毒突變和重組建立病毒生物學研究的有效方法，如何利用重組病毒構建重要疾病基因治療載體，是研究病毒遺傳和變異的主要目的之一。雖然有一些病毒現已可通過序列分析進行其基因組研究，但病毒重組作圖、重配作圖、中間型雜交、轉錄圖和多肽圖等仍是研究病毒遺傳圖的重要方法。在病毒基因功能研究中，經典的互補試驗、克隆基因的互補試驗及利用突變和重組進行的順式因子分析、反式因子分析和基因瞬時表達，都有著不可替代的作用。由於一些病毒可以感染動物和人類的特異組織細胞，利用這些病毒構建表達外源基因載體，用於人類一些特殊疾病的基因治療，這一方麵具有誘人的前景。
比如，為什麽過去感染過流感的人，雖然體內已經產生了抗體，但對新型病毒變異株卻可能沒有免疫力呢？為什麽流感大流行會經常反複的出現，而為了能夠提供有效防禦流感的疫苗，則必需頻繁地製造出新的流感疫苗呢？這是因為：流感病毒的抗原性會因為核酸的複製、裝配等各種因素而發生變化，有了這些變化，流感病毒就可以有效地逃避宿主的免疫清除。
上一篇：缺損病毒
下一篇：病毒基因產物間的相互作用
