病毒基因的產物蛋白質相互作用也可影響病毒的表型，大多發生在實驗室，有的也可發生在自然界。
（一）、補償作用(complementation)
在感染細胞中，同一種病毒的兩個毒株、兩種相關或不相關的病毒之間由於病毒蛋白質的相互作用，拯救了一種或兩種病毒或增加了病毒產量，即為補償作用。一種病毒為另一種病毒提供了其不能合成的基因產物，使後者在二者混合感染的細胞中得以增殖。如缺損病毒與其輔助病毒間的關係。
（二）、表型混合(phenotypic mixing)
是指兩種病毒混合感染細胞後，子代病毒獲得二者的表型特性。如流感病毒與副黏病毒共感染(coinfection)時，子代病毒顆粒的囊膜可具有雙親的抗原，但每個病毒顆粒僅含雙親之一的基因組。無囊膜的病毒之間的表型混合可以衣殼轉化(transcapsidation)的形式出現，即病毒的衣殼可全部或部分在病毒之間互換，這可改變病毒的嗜性。
（三）、多倍性(polypoidy)
是病毒成熟過程中，出現數個核衣殼被一個囊膜包裹的現象，可見於副黏病毒。
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