（1）退化性起源學說
退化性起源學說認為病毒是細胞內寄生物的退化形式。這種細胞內寄生的產生原因可能是由於微生物對某種不能穿過細胞膜的代謝發生了嚴重依賴。在細胞內，這類寄生物可以在不影響其生存的情況下逐漸丟失部分生物學功能。它們所必需保留的功能是具有可進行自主複製的DNA複製原點（順式元件）、可以對複製進行調控的反式調控蛋白，以及能與宿主生物合成及複製係統相互作用的順式和反式功能。最終的選擇結構，就可產生一種專性細胞內寄生的DNA分子或質粒。
退化性起源學說可以把病毒的起源解釋為兩個階段：首先，寄生物在細胞內產生獨立複製的DNA質粒，然後，編碼寄生物亞細胞結構單位的基因發生突變，形成病毒的衣殼蛋白。隨著進化的發生，新獲得的可在細胞間轉移的特性被進一步選擇下來。
（2）病毒起源於宿主細胞中的RNA和（或）DNA成分的學說
這種學說認為，病毒是正常的細胞組分在進化過程中獲得了自主複製的能力獨立進化而來的。該學說能解釋所有病毒的起源：DNA病毒起源於質粒或轉移因子；反轉錄病毒起源於反轉座子；RNA病毒起源於自主複製的mRNA.
（3）病毒起源於具有自主複製功能的原始大分子的學說，即病毒起源於自主複製的RNA分子。
核糖核酸多聚體具有自主複製的信息和能力。由於發現RNA分子具有催化化學反應的能力使得RNA為生命和病毒的起源的學說變得更具有吸引力。小而簡單的RNA分子具有至少下列三種化學功能：
1）核糖核酸酶的活性；
2）能自我拚接去掉內部的核酸序列（核酸）；
3）有實驗表明，以RNA作引物可以合成依賴於模板的多聚胞嘧啶核酸。
也就是說，RNA分子可以進行複製和進化相關的三個基本反應。
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