動物和植物病毒，特別是相當多的動物病毒，其核衣殼外麵還有一層或多層由糖蛋白、脂類所構成的囊膜把它們包裹起來，如流感病毒、皰疹病毒、狂犬病毒、水泡性口膜炎病毒以及小麥叢矮病毒等。有的病毒在囊膜的最外層還有突起物。引起天花一類疾病的痘病毒是最大、結構最複雜的一類病毒，外形呈磚狀或麵包狀，大小300nm×250nm×100nm，所以用光學顯微鏡就可以看到，但要看清表麵結構還需要電子顯微鏡。它的核衣殼的結構複雜，而且囊膜上還有很多管狀突起物。
二、昆蟲病毒的結構
昆蟲病毒基本分三類：一類是病毒核衣殼顆粒為遊離態，沒有囊膜包被，也沒有結晶狀蛋白質包被的；第二類是核衣殼外有囊膜包被的；第三類是核衣殼外麵有很多蛋白質晶體包被，形成多角形的包涵體，呈四麵、長方、六麵和十二麵等，所以稱為多角體病毒。
三、細菌病毒——噬菌體的結構
噬菌體是一類寄生於細菌的病毒的總稱，英文名稱為bacteriophage，簡稱phage，來源於希臘文“phagos”，是“吞噬”的意思。在結構上，噬菌體比我們大家熟知的細菌、真菌要簡單得多。關於噬菌體的結構、侵染方式、複製、成熟（包裝）等是病毒學中研究的最早、最清楚的一類病毒。如果在培養皿中使培養基內長滿細菌，就好像一片草地，如果有噬菌體活動，我們就能在這片“草地”上發現一個個透明的圓圈，這是因為細菌被噬菌體分解了。我們把這些透明圈稱為噬菌斑。
大家熟知的噬菌體的構型有以下幾種。絕大多數噬菌體為裸露的球狀、纖維狀或絲狀，隻有極個別的才帶有包得很緊的脂蛋白囊膜， 還有一種噬菌體是有頭有尾，核酸包在頭部外殼中，頭是二十麵體對稱，而尾是螺旋對稱。
在病毒中有兩種特殊情況：一種是類病毒（viroids），它是一種隻含有RNA而缺少蛋白的具有感染性的獨特因子；與之相反，朊病毒（prions）是一種隻含蛋白，缺少核酸具有感染性的特異因子。
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