菌群失調
在宿主某部位寄居的正常菌群中，細菌的種類和數量比例是比較恒定的。在治療疾病過程中，醫生往往在使用抗菌藥物治療感染性疾病過程中引發了另一種新的感染病症，其原因就是因為長期或大量應用抗菌藥物後，大多數正常菌群被殺死或抑製，而原來處於劣勢的少數菌群或外來的不能被抗菌藥物殺死（耐藥菌株）的細菌便會趁機大量繁殖，使原來的菌群種類和數量比例大大改變。這種因嚴重的菌群失調導致的疾病稱為二重感染。引起二重感染的常見菌有金黃色葡萄球菌、白假絲酵母、艱難梭菌（Clostridium difficile）和一些革蘭氏陰性杆菌。臨床表現為假膜性腸炎、肺炎、鵝口瘡等。若發生二重感染，除停用原來的抗菌藥物外，對標本中分離培養出來的優勢菌要作藥敏試驗，看看用甚麽藥物能夠殺死它們，從中選用合適的。同時，也可配合使用相應的保健食品或改善腸道正常菌群的微生物製劑，來協助調整菌群的類型和數量，加快患者康複。
宿主免疫功能低下
這種平衡失調主要是因宿主的局部或全身性免疫功能下降而引起，而正常菌群的種類和數量比例並無變化。局部免疫低下的情況並不罕見。例如拔牙或實行扁挑體摘除手術後，寄居在口腔或鼻咽部的甲型鏈球菌可經手術傷口進入血流，如果病人有先天性心髒缺損，便往往會引起細菌性心內膜炎。在自身免疫病、器管移植、腫瘤等患者的治療過程中，常需使用大劑量的皮質激素、抗腫瘤藥物或放射治療等，這些醫療措施會造成機體全身性免疫功能降低，從而使一些正常菌群進入血液，它們此時可以穿越原來把它們阻檔在外麵的粘膜屏障，造成敗血症甚至死亡。
寄居部位改變
正常菌群如果從原來寄居部位轉移到宿主的其它部位，就有可能引起疾病。原因是菌群進入宿主新部位，不象原寄居部位的組織細胞對這些菌已經適應，能夠和平相處、平安無事。例如腸道中的大腸埃希氏菌若進入泌尿道，可引起腎盂腎炎、膀胱炎等；若因外傷或手術傷口進入腹腔、血流，可導致腹膜炎、敗血症等。
許多人都有所謂“水土不服”的經驗，新到一個地方品嚐美味佳肴後大倒胃口，發生腹瀉。產生這種疾病多半是由於患者到達這個新地方後，由於最初幾天飲食不慎，通過飲水或其它途徑使患者腸道內增加了某些新的微生物，它們與原來居住在患者腸道內的微生物的協調關係沒有建立起來，某些可能致病的細菌大量繁殖，因而引發類似痢疾的症狀。雖然可能發生傷寒和副傷寒，但大多數這類水土不服患者並不是由惡性致病菌造成的，而是那些在當地無害的普通細菌寄生在那些沒有免疫力的新居民身上造成的。對於水土不服，其實並沒有什麽辦法能夠避免接觸這些微生物，所要做的僅僅是盡量少接觸它們，避免非微生物引發的腸道功能紊亂，在沒有什麽痛苦的情況下建立常規防禦係統。具體措施就是，在初到一個地方的頭幾天不要飲食過量，少喝些當地的水，選擇新鮮烹調的菜肴，水果要洗淨等。如果能這樣做，幾天以後，這些旅遊者便可以津津有味地大嚼當地的美食，而不必擔心腸胃不適了。
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