1、衣原體細胞培養：對沙眼衣原體敏感的細胞株為McCoy細胞、Hela-229細胞和BHK細胞，最常用的是經放線菌酮處理的單層McCoy細胞，孵育後，用單克隆熒光抗體染色，可迅速診斷，培養法的敏感性為80%-90%，陽性即可確立診斷。
2、衣原體細胞學檢查法：在感染細胞內可有衣原體的包涵體存在。從感染部位采取細胞標本作塗片，姬姆薩染色包涵體是藍色或暗紫色，碘染色顯示褐色。但敏感性差（40%），目前已較少采用。
3、近年來采用熒光素標記的抗衣原體單克隆抗體，來檢測細胞塗片中的衣原體，使用較為方便，目前主要用衣原體外膜蛋白（MOMP）的單克隆抗體的商品試劑（Mico Trak，Pathfinder，Monofluor）。結果判斷：要衣原體數>10個才能判為陽性。
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