1、致病機理：衣原體能產生類似格蘭陰性菌內的內毒素，靜脈注射小白鼠，能迅速使動物死亡。體外試驗提示，衣原體表麵脂多糖和蛋白促進 其吸附雨易感細胞，促進易感細胞對衣原體的內吞作用，並能阻止吞噬體和溶酶體的融合，從而使衣原體在吞噬體內繁殖破壞細胞。受衣原體感染的細胞代謝被抑製，最終被破壞。
2．所致疾病
（一）沙眼： 由衣原體沙眼生物變種A、B、Ba、C血清型引起。主要經直接或間接接觸傳播，即眼～眼或眼～手～眼的途經傳播。當沙眼衣原體感染眼結膜上皮細胞後，在其中增殖並在胞漿內形成散在型、帽型、桑椹型或填塞型包涵體。該病發病緩慢，早期出現眼瞼結膜急性或亞急性炎症，表現流淚、有粘液膿性分泌物、結膜充血等症狀與體征。後期移行為慢性，出現結膜瘢痕、眼瞼內翻、倒睫、角膜血管翳引起的角膜損害，以致影響視力，最後導致失明。據統計沙眼居致盲病因的首位。1956年我國學者湯飛凡等人用雞胚卵黃囊接種法，在世界上首次成功地分離出沙眼衣原體，從而促進了有關原體的研究。
（二）包涵體包膜炎：由沙眼生物變種D～K血清型引起。包括嬰兒及成人兩種。前者係嬰兒經產道感染，引起急性化膿性結膜炎（包涵體膿漏眼），不侵犯角膜，能自愈。成人感染可因兩性接觸，經手至眼的的途徑或者來自汙染的遊泳池水，引起濾泡性結膜炎又稱遊泳池結膜炎。病變類似沙眼，但不出現角膜血管翳，亦無結膜瘢痕形成，一般經數周或數月痊愈，無後遺症。
（三）泌尿生殖道感染：經性接觸傳播，由沙眼生物變種D～K血清型引起。男性多表現為尿道炎，不經治療可緩解，但多數轉變成慢性，周期性加重，並可合並副睾炎、直腸炎等。女性能引起尿道炎、宮頸炎等，輸卵管炎是較嚴重並發症。該血清型有時也能引起沙眼衣原體性肺炎。
（四）性病淋巴肉芽腫：由沙眼衣原體LGV生物變種引起。LGV要通過兩性接觸傳播，是一種性病。男性侵犯腹股溝淋巴結，引起化膿性淋巴結炎和慢性淋巴肉芽腫。女性可侵犯會陰、肛門、直腸，出現會陰～肛門～直腸組織狹窄（五）呼吸道感染:由肺炎衣原體及鸚鵡熱衣原體引起。肺炎衣原體引起急性呼吸道感染，以肺炎多見，也可致氣管炎、咽炎蹬。鸚鵡熱原為野生鳥類及家畜的自然感染，也可經呼吸道傳給人，發生呼吸道感染和肺炎。
3、免疫性 衣原體感染後能誘導產生型異性細胞和體液免疫。但保護性不強，為時短暫，因此衣原體的感染常表現為持續感染，反複感染或隱形感染。有些衣原體抗原注入人皮後內可造成免疫病理損傷。
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