朊病毒的檢測方法有如下幾種：
1 動物傳遞實驗
動物實驗是判斷生物體是否感染朊病毒、測定感染滴度、研究朊病毒傳染性的主要手段。隨著檢測技術的進步，現在動物實驗的許多功能已被更快捷、更準確的方法所代替，但作為生物學方法仍然是研究朊病毒不可缺少的重要環節。目前，已知的朊病毒病大多已建立了動物感染模型，小鼠、大鼠和倉鼠是最常用的朊病毒實驗動物。
常規方法是將無菌的組織標本，用Teflon研棒勻漿後作10倍連續稀釋，每個稀釋度通常腦內接種6隻小鼠(10～30μl)、大鼠(30μl)或倉鼠(50μl)。接種動物每3天檢查1次，發現其出現毛亂、弓背、運動過慢和後肢癱瘓等病狀後逐日檢查，瀕死撲殺，取腦組織作病理學檢查，以驗證朊病毒感染。如接種動物不發病，則繼續觀察至其死亡或適時盲傳，最後取腦組織作病理學檢查。根據動物發病和死亡數計算滴度。該方法的優點是比較敏感，是研究朊病毒生物學特性的重要實驗。其缺點是費時、費力，滴定誤差大，需消耗大量動物，費用昂貴。由於種屬屏障和毒株、動物個體差異等因素的影響，傳遞的成功率往往相差較大，個別 GSS毒株的動物傳遞始終未獲成功。因此，實驗陰性並不能排除朊病毒感染，使用轉基因動物是一條經濟實用的削弱或消除種屬屏障的實驗途徑，可明顯改善傳遞效果。
2 免疫學方法
免疫學檢測方法由於其靈敏度高，特異性強，方法眾多，能適合不同檢驗要求的需要，目前已成為檢測朊病毒的最主要方法。
(1)組織印跡：組織印跡技術是將靈敏的蛋白檢測技術和解剖學組織保存技術結合起來，用於檢測組織中微量的PrPsc。其靈敏度較高，甚至可以超過一般的免疫印跡，已被廣泛地用於朊病毒的研究。
(2)斑點印跡：1990年，Serban等介紹了一種用硫氰酸胍處理的斑點印跡方法，將組織標本置於冷的裂解緩衝液中勻漿，然後500r/min離心5 min，去除不溶性殘渣，上清液與含SDS樣本緩衝液等量混合，吸取4μl混合液，點樣於幹的NC膜上，空氣中幹燥,iK消化，3mol/L硫氰酸胍處理，封閉後，進行免疫學檢測。斑點印跡法靈敏度較低，但操作簡便，對儀器設備要求低，適用大批量標本的篩查，易於普及推廣。
(3)免疫印跡：由於使用了凝膠電泳分離技術和免疫檢測技術，除了可以鑒定標本中特定的組分外，還能顯示其電泳分離圖譜，運用價值較高。免疫印跡技術簡便、快速，對儀器設備要求低，而且不受組織自溶的影響，能在組織病理學結果陰性或含糊的情況下檢出PrPres，具有早期確診價值。目前，已成為朊病毒研究中最常用的檢測方法之一。其基本步驟是：將待檢組織標本勻漿、離心、蛋白酶K消化等一係列處理後，在12.5％SDS-聚丙烯酰胺凝膠上電泳，隨後將蛋白質轉印至NC膜或PVDF膜上，封閉，用特異性抗體進行免疫學檢測。
(4)免疫組化：免疫組化是利用特異性抗體直接顯示組織切片上致病性PrP。由於可以對PrPres的沉積進行精確的解剖學定位，為臨床病理學診斷提供客觀依據，因此，具有很高的臨床診斷價值。免疫組化可以檢測甲醛固定、石蠟包埋的組織標本，應用麵較廣。其基本步驟是：將甲醛固定或石蠟包埋的組織標本經一係列預處理後，依次與特異性抗體和酶標記第二抗體反應，最後加底物顯色，顯微鏡下觀察。
(5)酶聯免疫吸附實驗：該方法具有靈敏、特異、簡便、快速、可定量、自動化等特點，非常適合大批量標本的普查篩選工作。目前報道的用於檢測朊病毒的ELISA方法有兩種：一種是間接法，即先將從各個標本中提取的PrPres分別包被於酶標板的孔中；另一種是雙抗體夾心法，即先用特異性抗體包被酶標板，再加入標本提取物，37℃孵育。此後兩種方法都依次加入特異性1抗、酶標2抗，最後加底物顯色，酶標儀讀板。
(6)關於免疫學檢測中標本預處理的幾點說明：①適當的標本預處理，可以暴露PrPres原先隱蔽的抗原表位和(或)修複被福爾馬林破壞的抗原表位，提高PrPres的免疫反應性，有利於實驗靈敏度的提高。②預處理並不是萬能的，多種預處理都有失敗的事例，預處理的效果可能取決於預處理暴露或修複的抗原表位能否被實驗使用的抗體所識別。③某些預處理(如高壓蒸汽處理法)可同時增加PrPsen的免疫反應性，但這對PrPsen的檢測幫助不大，Yokoyama認為這僅僅是由於PrPsen表達太低造成的。④某些實驗使用的抗體不能分辨 PrPres和PrPsen，又沒有用PK消化以去除PrPsen，這些實驗采用預處理的目的主要是利用 PrPres和PrPsen對預處理反應的差異，篩選預處理條件，盡量增強所用抗體與PrPres的免疫反應性，抑製與PrPsen的免疫反應性，擴大二者實驗結果的差異，以達到篩查患感染TSE生物體的目的。⑤不進行標本預處理，單靠選用改良的抗體，同樣可以提高試驗的靈敏度。
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