估計真菌的總數約為10萬~25萬,可分成五個亞門。
(1)鞭毛菌亞門(Mastigomycotina)
產生具鞭毛的無性孢子,以單細胞個體或具無橫隔的菌絲存在。典型代表為致病疫黴(Phytophora infestans),可引起馬鈴薯晚疫病。另一代表Rhizophlyctis rosea為土壤中常見纖維素分解菌。
(2)接合菌亞門(Zygomycotina)
能產生不遊動的無性孢子(接合孢子);菌絲無隔膜。重要代表菌為土壤中的腐生菌,如毛黴(Mucor)、根黴(Rhizopus)。黑根黴(R.nigrocans)長期以來用於檸檬酸的生產。
(3)子囊菌亞門(Ascomycotina)
真菌中最大的一個亞門,大約有1.5萬種。營養體除酵母菌為單細胞外,大多數具發達的菌絲體,菌絲體有橫隔。產生有性孢子(子囊孢子)。其中的脈孢菌屬(Neurospora)和酵母菌屬(Saccharomyces)為遺傳學家特別熟悉。酵母菌是迄今為止應用最廣的真菌。釀酒酵母(S. cerevisiae)廣泛用於啤酒和葡萄酒的發酵生產,也用於麵包製作等方麵。
(4)擔子菌亞門(Basidiomycotina)
營養體為單細胞或有隔菌絲,產生有性孢子(擔孢子)。著名的食用菌(mushroom)大多屬於擔子菌,能在有機複合肥上進行商品化生產。
(5)半知菌亞門(Deuteromycotina)
由於隻了解其生活周期的一半,故名。營養體結構為單細胞或有隔菌絲,以分生孢子進行無性繁殖。此亞門中的某些屬具可觀的經濟價值,如青黴屬(Penicillium)和曲黴屬(Aspergillus)。
黑曲黴(A. niger)用於生產檸檬酸和葡萄糖酸。米曲黴(A. oryzae)在食品工業中通過發酵大米和黃豆來生產澱粉水解酶和蛋白水解酶。
點青黴(
P.notatum)是用於生產青黴素的第一個菌株;灰黃青黴(
P.griseo-fuluvum)為灰黃黴素的生產菌,主要用於治療被真菌感染的皮膚或指甲疾病
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