1．光能無機自養型（光能自養型）
能以CO2為主要唯一或主要碳、進行光合作用獲取生長所需要的能、以無機物如H2、H2S、S等作為供氫體或電子供體，使CO2還原為細胞物質；
藻類及藍細菌等和植物一樣，以水為電子供體（供氫體）進行產氧型光合作用，合成細胞物質。紅硫細菌以H2S為電子供體，產生細胞物質，並伴隨硫元素的產生。
2．光能有機異養型（光能異養型）
不能以CO2為主要或唯一的碳源；以有機物作為供氫體，利用光能將CO2還原為細胞物；在生長時大多數需要外源的生長因子。
例如，紅螺菌屬中的一些細菌能利用異丙醇作為供氫體，將CO2還原成細胞物質，同時積累丙酮。
光能無機自養型和光能有機異養型微生物利用光能生長在地球早期生態演化過程中起重要作用。
3．化能無機自養型（化能自養型）
生長所需要的能量來自無機物氧化過程中放出的化學能，以CO2或碳酸鹽作為唯一或主要碳源進行生長時，利用H2、H2S、Fe2+、NH3或NO2-等作為電子供體使CO2還原成細胞物質。
化能無機自養型隻存在於微生物中可在完全無機及無光的環境中生長廣泛分布於土壤及水環境中,參與地球物質循。
4．化能有機異養型（化能異養型）
生長所需要能量均來自有機物氧化過程中放出的化學能，生長所需要的碳源主要是一些有機化合物，如澱粉、糖類、纖維素、有機酸等。
有機物通常既是碳源也是能源。
腐生型：可利用無生命的有機物(如動植物屍體和殘體)作為碳源；
寄生型：寄生在活寄主機體內吸取營養物質,離開寄主就不能生存。
不同營養類型之間的界限並非絕對
例如紫色非硫細菌：沒有有機物時，同化CO2， 為自養型微生物；有機物存在時，利用有機物進行生長，為異養型微生物；光照和厭氧條件下，利用光能生長，為光能營養型微生物；黑暗與好氧條件下，依靠有機物氧化產生的化學能生長， 為化能營養型微生物。
微生物營養類型的可變性無疑有利於提高其對環境條件變化的適應能力
5．營養缺陷
某些菌株發生突變(自然突變或人工誘變)後，失去合成某種(或某些)對該菌株生長必不可少的物質(通常是生長因子如氨基酸、維生素)的能力，必須從外界環境獲得該物質才能生長繁殖，這種突變型菌株稱為營養缺陷型，相應的野生型菌株稱為原養型。
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