1）微生物是有機物的主要分解者：微生物最大的價值也在於其分解功能。它們分解生物圈內存在的動物和植物殘體等複雜有機物質，並最後將其轉化成最簡單的無機物，再供初級生產者使用。
（2）微生物是物質循環中的重要成員：微生物參與所有的物質循環，大部分元素及其化合物都受到微生物的作用。在一些物質的循環中，微生物是主要的成員，起主要作用；而一些過程隻有微生物才能進行，起獨特作用；而有的是循環中的關鍵過程，起關鍵作用。
（3）微生物是生態係統中的初級生產者：光能營養和化能營養微生物是生態係統的初級生產者，它們具有初級生產者所具有的二個明顯特征，即可直接利用太陽能、無機物的化學能作為能量來源，另一方麵其積累下來的能量又可以在食物鏈、食物網中流動。
（4）微生物是物質和能量的貯存者：微生物和動物、植物一樣也是由物質組成和由能量維持的生命有機體。在土壤、水體中有大量的微生物生物量，貯存著大量的物質和能量。
（5）微生物在地球生物演化中的作用：微生物是最早出現的生物體，並進化成後來的動、植物。藻類的產氧作用，改變大氣圈中的化學組成，為後來動、植物出現打下基礎。
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