在各種水體，特別是汙染水體中存在有大量的有機物質，適於各種微生物的生長，因此水體是僅次於土壤的第二種微生物天然培養基。水體中的微生物主要來源於土壤，以及人類的動物的排泄物及汙染。水體中微生物的數量和種類受各種環境條件的製約。
一般認為，水中微生物以革蘭氏陰性杆菌占有較大優勢。與其他水體相比，河水及溪水中革蘭氏陽性菌相對較多，這是因為陸地微生物衝洗汙染的緣故。
水體中的致病性微生物一般並不是水中原有微生物，大部分是從外界環境汙染而來，特別是人和其它溫血動物的糞便汙染。水中常見的致病性細菌主要包括：誌賀氏菌、沙門氏菌、大腸杆菌、小腸結炎耶爾森氏菌、霍亂弧菌、副溶血性弧菌等。
在實際控製中，對水質衛生質量的評價和控製，是無法對各種可能存在的致病微生物一一進行檢測，而一般利用對指示菌的檢測和控製，來了解水體是否受到過人畜糞便的汙染，是否有腸道病原微生物存在的可能，從而評價水的質量，以保證水質的衛生安全。
目前，世界各國一般認為大腸菌群是指示水質受糞便汙染較好的指示菌。
我國水質控製也采用大腸菌群作為指示菌，GB5749-85《中華人民共和國國家標準 生活飲用水衛生標準》規定，生活飲用水中大腸菌群每升不得超過3個。
在某些情況下，水體中的細菌總數也可指示水體受糞便等汙染物汙染的情況。這裏的細菌總數其實是指營養瓊脂培養後形成的菌落總數。目前世界各國對於控製飲用水的衛生質量，除采用大腸菌群等指標外，一般還采用細菌總數這個指標。我國GB5749-85《中華人民共和國國家標準 生活飲用水衛生標準》中規定生活飲用水細菌總數每毫升不得超過100個。
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