根據培養基的物理狀態來區分：
1、液體培養基 ：主要用於增菌培養、鑒別性培養
2、固體培養基：用作微生物的分離、鑒定、檢驗雜菌、計數、保藏、生物測定 3、半固體培養基：觀察微生物的動力，有時用來保藏菌種
4、脫水(商品)培蕎基：脫水培養基也稱為商品培養基、預製幹燥培養基。
將各種營養成分按比例配製完全,製成脫水的幹粉狀,裝瓶出售;使用時隻需按比例加人定量的水溶化、滅菌便可。 根據培養基的用途來區分：
增殖培養基 選擇培養基 鑒別培養基 1、 增殖培養基： 在普通培養基中加入一些某種微生物特別喜歡的營養物質，以增加這種微生物的繁殖速度，逐漸淘汰其它微生物，這種培養基稱為增殖培養基。 能夠給微生物提供較適當的生長環境從而使微生物大量繁殖的培養基稱為增菌培養基。2、選擇培養基 ：在培養基中加入抑製劑以殺死或抑製不需要的菌種,分離對象因對該抑製劑有抗性而正常生長繁殖的培養基,稱之為選擇培養基。 分離培養用的培養基
3、鑒別培養基：在培養基中加入指示劑或化學藥品,目的菌經培養後其代謝產物與化學試劑發生顯色反應,因而用肉眼可快速鑒別出目的菌,這樣的培養基稱之為鑒別培養基。
例如:伊紅美藍培養基(EMB)就是一種常用的鑒別性培養基。 伊紅美藍培養基用於食品、乳製品、水源和病源標本中革蘭氏陰性腸道菌的分離和鑒別
4、活體培養基：病毒、立克次氏體等專性寄生微生物不能在一般培養基上生長,常用雞胚、活細胞和動物進行培養。
采用雞胚培養時,將微生物接到絨毛尿囊膜、尿囊、羊膜囊和卵黃囊中進行培養,即可得培養物。 細胞培養指將病毒接種到體外培養的活細胞上使其增殖。
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