從植物學角度講，果實是花成熟後產生的子房,其中含有種子：豌豆、辣椒(紅色的和綠色的）、茄子、黃瓜、鱷梨和西紅柿等都是果實，但它們也被用作蔬菜。人們通常所指的水 果是甜的或酸的果實(如蘋果、梨、橘子、梅子、桃子、櫻桃等等)。大黃是水果，卻更適用於烹飪，但它不楚子房，而是葉柄。另外，未成熟的水果(如香蕉和木瓜)也當作蔬菜用於烹飪。
微生物學主要依據微生物的生活習性來考慮蔬菜和水果。通常被人們稱作“水果” (蘋果、梨、橘子、梅子、桃子、枇杷等)的果實都具有酸味或甜味。水果中累積了大量的有 機酸(特別是檸檬酸、蘋果酸和奎寧酸），造成其糖(特別遒葡萄糖、果糖和蔗糖)含量較高，而PH較低(pH通常小於4.5);但水果中的蛋白質和脂肪含量卻很低。由此可見，水果並 不適合腐生微生物的生K。因此按照微生物學的觀點，應該將番茄（pH 4.0~4. 5)歸於 水果類，因為它更符合水果或果汁的微生物環境，而蔬菜的pH通常在5~7之間。
水果屮的有機酸對微生物的影響不隻是其較低的pH，其不溶性的有機酸分子同樣具 有抑止細菌牛長的作用OCMSF，1980a)::除了上文中提到的有機酸外，還有許多其他的 種類，如葡萄和羅望子中的酒石酸，蔓越橘中的苯甲酸，它們肴時能在水果中形成高的有機酸環境。
耑要注意的是有些水果(如木瓜和甜瓜）有機酸含M較低，pH較高。成熟的木瓜pH 為5. 5〜5. 9。堅果，在椬物學上屬於水果，何按照微生物的生境考慮，它們已具有自己獨特的特征(水分活度較低，蛋白質和脂肪含量較卨），所以應該單獨考慮。
新鮮水果和蔬菜衷麵一般都帶有土壤中的腐生微生物和植物寄生蟲。其中的一些微生物極易造成水果腐爛。例如土壤中的重要汙染源黃褐絲衣黴菌 的子囊孢子抗熱性極強，能導致水果罐頭的腐爛。新鮮的水果和蔬菜通常不需要進行微 生物分析，何在生食時(尤其足數S較大時，如製作沙拉或水果和蔬萊的來源可疑時），應 街效的檢測其中食源性致病菌或糞使的汙染情況。在地表生長的水果和蔬菜常使用動物的糞便施肥，也應做類似的檢查。前文已提到過一起由大腸杆菌0157引起的食物中毐 事件。該事件的暴發是由於飲用了汙染廣大腸杆菌0157的蘋果酒所造成的。因為蘋果 酒用掉落在地上的大IS蘋果製成,而這些蘋果受到了地而上動物糞便肥料的汙染。
手I工采摘的水果和蔬菜，極易受到帶冇病原菌的人汙染,這些病原菌在冷凍食品中也 能存活，特別是當產品不能進行燙漂時,這種情況更可能存在。如冷凍的山莓曾引起甲型肝炎的暴發
冷凍水果和蔬菜中的微生物族係V新鮮產品中的相似，但有時因為冷凍廠的衛生措 施，燙漂過程及其前後的儲存溫度等條件的影響，會使兩者在微生物種類的比例和絕對數量上有所不同。冷凍幹果中的微生物群係也與其新鮮產品中的相似，而且微生物種類的比例和絕對數景也相同。
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