一般情況下，細菌在這類食品上不繁殖，但是，一旦在糕點外部塗抹奶油或在內部加 人餡後，就極易滋生細菌。麵包中的芽孢杆茼會引起通常所說的“拉絲現象”。
此外，還應考慮到麵包食品在加工過程中，加工工人別奶油和麵包餡造成的汙染。曾 經暴發的一次危害是麵包師在攪拌奶油時造成葡萄球菌的汙染,而奶油和麵包餡又促進丫細菌的繁殖，所以造成疾病的暴發。另外，攜帶誌賀氏菌或患有甲沏肝炎的病人，會對 烤製後的麵包造成汙染。已有兩篇這樣的報道：由於患有甲型肝炎的麵包師汙染了製作 麵包的糖漿而造成肝炎的暴發
黴菌的生長能導致食品的腐敗，使麵包餡變成丫一團微生物。焙烤麵包的溫度通常 足以殺死黴菌的孢子，成品麵包的腐敗常常是由大氣中或包裝盒內黴菌的汙染所造成的。用防腐劑（如山梨酸或丙酸鹽）能夠較好的抑製黴菌的生長，延長許多麵包的保 質期。
值得一提的是，一些輕度發酵的糕點和蛋召酥皮若在加』:過程中受熱不充分，就會造成雞蛋中的沙門氏菌的大量繁殖。尤其是腸炎沙門氏菌，它能在雞蛋中垂直傳播因此，麵包生產商做麵包時應使用經巴氏消毒的全蛋或蛋清，備些闐家的法律還規定 批量生產的雞蛋都應經過巴氏消毒
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