奶酪這類發酵食品中含有大量的乳酸菌，微生物在整個發酵過程中起作用。加工後短期內，乳酸菌在產品中占主導地位,不成熟的軟奶酪(如棉花奶酪）中就含有大量的乳酸 菌。在奶酪成熟的過程中，乳酸菌等發酵菌種逐漸被耐酸的乳杆菌所取代。在許多硬化 的奶酪(如切達幹酪）中，乳杆菌對奶酪的成熟起著很重要的作用。奶酪的其他變化，尤其 是其成品的特征則取決於其他微生物(例如黴菌成熟奶酪中的青黴菌和瑞士奶酪中的丙 酸杆菌）的生長和新陳代謝能力。
關於微生物造成的產品腐敗和對人體健康危害等問題，要對兩種類型的奶酪分別討 論：軟奶酪和鮮奶酪的水分活度和pH很容易造成產品的腐敗，隻能放入冰箱保存；硬奶 酩和半硬奶酪(如切達幹酪、Provodonc奶酪和Edam奶酪）的保質期都較長，在20℃的環 境溫度下仍能長期保存。但所有類型的奶酪，包括硬奶酪，都可能引發沙門氏菌腸炎(例 如CDSC, 1996a，1997b)。導致這種疾病發生.的原因通常足因為食用了未經巴氏滅菌的 奶製成的奶酪另外，雖然沙門氏菌在低pH時會逐漸死亡，但大多數菌都能存活兩個月 以上。
軟奶酪或半軟奶酪常存在葡萄球菌毒素和大腸杆菌O157、單核細胞增生李斯特菌等 腸道致病菌公共健康危害菌；硬奶酪的水分活度較低，能為乳清分離後壓製階段殘存的致 病菌提供長期的生存環境，甚至生存條件苛刻的致病菌(如流產布魯氏杆菌）都能在硬奶 酪中存活幾個月」
奶酩的質蜇評估應該包括對大腸菌群、糞大腸菌群和大腸杆菌的檢驗。另外還應包 括金黃色葡萄球菌和其他重要的致病菌的檢驗。所有類型的奶酪都可能引起金黃色葡萄 球菌腸毒素食物中毒，這些葡萄球菌可能來自攜帶該菌的人或患有乳腺炎的牛。金黃色 葡萄球菌腸毒素的產生是由於部分發酵菌種失活產生了低酸環境造成的。金黃色葡萄球 菌成熟後數目會降低，所以對任何細菌數超過的樣品都要考慮是否存在內毒素的 危害性。但產品中不存在金黃色葡萄球齒並不意味著奶酪就是安全的，細菌可能在產品 成熟過程中死亡，但活性內毐素卻可能已經存在於奶酪中：
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