水生環境中自然存在的另種細菌是氣單胞菌。在不能循環流動的淡水中溫和氣單 胞菌通常占優勢，且在表層水中氣單胞菌的數量能達到個103/mL(WHO， 1996)。應用膜濾菌器結合改良的XLD培養基能檢測到瓶裝礦泉水中的這種微生物，當檢測家庭飲用水水樣中的氣單胞菌時，應加入50mg/L的乙二胺四乙酸鈉鹽 (EDTA)作絡合劑，因為氣單胞菌對微量元素銅非常敏感(WH0，1996)。
為了保證飲用水能被飲用,必須確保水樣不受上述致病微生物的汙染。這些腸道致 病菌，極易被腸道內共生的非致病性埃希氏杆菌、糞腸球菌和產氣莢膜梭狀芽孢杆菌等所 掩蓋，而這些非致病菌的指標菌卻很容易檢測。糞腸球菌作為指示菌不如大腸杆菌有效， 因為它在腸道中的數量比大腸杆菌少，而旦在水中很容易死亡。但偶爾糞腸球菌也可能 會占優勢，在少數動物體內，腸球菌的數量要超過大腸杆菌。產氣莢膜梭狀芽孢杆菌在水 中比糞腸球菌和大腸杆菌的存活期長。如果水中不存在糞腸球菌和大腸杆菌，說明水源 不存在糞便汙染。但不幸的是，不存在常規的指示菌(如大腸杆菌等)並不能確保水中不
存在隱孢子蟲、賈第蟲和病毒的汙染。
然而，大腸杆菌、需氧嗜溫菌和產氣莢膜梭狀芽孢杆菌的計數仍然很有用（1994報 道）。另外，食品加工廠的加工用水還需要進行其他微生物的分析。例如對水中嗜熱菌的 類型和數量的檢測和分析..
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