食品生產用水比生活飲用水的微生物要求更為嚴格。這是因為生產用水 中若存在嗜冷營養腐生菌和其他水生生物，能引起冷藏或其他食品的嚴重腐敗。為有 效地控製生產用水中的微生物數量，對生產用水進行氯氣處理是必要的。如罐頭食品廠 的冷卻水需要用氯氣消毒(罐頭食品廠的水常常進行強製性氯處理，而不用自來水直接作 冷卻水）
球衣菌-纖發菌-嘉利翁氏菌族具有鞘或 附件的微生物有時也會對水造成汙染，應加以重視。除了一些假單胞菌和不動細菌外，這 些菌中還有一些細菌會阻塞工廠的供水係統而造成供水中斷；有些菌還能引起水的腐敗 和變質，從而使低酸性果汁和冰棒等透明的產品變渾濁,黏度增大。這些微生物的分離和 鑒別可參考伯傑手冊
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