選擇性培養基
分離混合菌株的另一個重要方法是使用選擇性培養基。將能夠支持多種微生物生長 的基礎培養基中加入一種或多種抑製劑進行改良後就成為選擇性培養基。選擇性培養基 可抑製被測微生物以外的其他微生物的生長。所用的選擇性培養基必須能夠適用於被測 樣品中特殊微生物的分離.選擇性培養基所使用的抑製物質包括染料、抗生素、膽鹽和影 響代謝或酶係統的各種神製劑等。
用選擇性培養基選擇微生物的一種方式是通過調整培養基的PH使它隻適用於耐酸菌或耐堿菌的生長。例如酵母菌、黴菌和乳酸細菌都是耐酸的微生物，能夠在PH4~5的 條件下生長，在這個pH條件下，非耐酸菌不能生長。
革蘭氏陰性菌的選擇性培養基
培養基中含有結晶紫(最終含量為1:500000)可以抑製許多革蘭氏陽性菌的生長(鏈球菌除外），但卻能夠允許革蘭氏陰性菌的生長。培養基中含有青黴素 (最終含量為5~50個單位/mL)能抑製多數革蘭氏陽性菌株，這些培養基成為革蘭氏陰 性菌的選擇性培養基。
麥康凱瓊脂是用於檢測和分離大腸杆菌的選擇性培養基。 用膽鹽做選擇劑，是因為膽鹽對腸道菌和大腸菌群的抑製程度比其他菌低„該培養基的 選擇性主要取決於膽鹽的表麵活性。將月桂基硫酸鈉加人培養基中製成的選擇性培養基 對這類菌有同樣的選擇性，與膽鹽等自然物質的選擇性無差別。
革蘭氏陽性苗的選擇性培養基
培養基中含有亞碲酸鉀、乙酸鉈和疊氮鈉等物質(最終含呈為1 ： 2000〜1 ： 10000)可 以抑製革蘭氏陰性菌的生長，所以這些物質在培養基中經常被用於選擇蘋蘭氏陽性茜。 如葡萄糖疊氮化合物肉湯可用於檢測水源中的糞鏈球菌。同樣在葡萄糖瓊脂中加人乙酸 鉈可用於從酸奶中分離乳酸球菌，加入亞碲酸鉀可用於分離棒狀杆菌。
鑒定培養基
鑒定培養基是一種能夠使微生物在培養基上產生可識別的特異性菌落的培養基。例 如通過觀察血瓊脂平板(一種非選擇性培養基)上形成的菌落就可區別溶血菌株和非溶血 菌株。然而，在多數情況下一個培養基可以同時用於菌株的選擇和鑒定。例如，發酵乳酸 的大腸藺群在麥康凱瓊脂上產生紅色菌落(因為產酸使中性紅指示劑顏色發生變化），而 如沙門氐菌等非乳酸發酵腸道菌則產生無色菌落。
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