應嚴格按照供應商提供的貯存條件、有效期和使用方法進行培養基的保存和使用。常用培養基主要包括脫水合成培養基、商品化即用型培養基、實驗室自製培養基等。
脫水合成培養基
對於脫水合成培養基，應保存有效的培養基目錄清單，清單應包括以下內容：（a）容器密閉性檢查；（b）記錄首次開封日期；（c）內容物的感官檢查。開封後的脫水合成培養基，其質量取決於貯存條件。通過觀察粉末的流動性、均勻性、結塊情況和色澤變化等判斷脫水培養基的質量的變化。若發現培養基受潮或物理性狀發生明顯改變則不應再使用。
商品化即用型培養基
商品化即用型培養基應嚴格按照供應商提供的貯存條件、有效期和使用方法進行保存和使用。
實驗室自製培養基
實驗室自製培養基應在保證其成分不會改變條件下保存，即避光、幹燥保存，必要時在5℃±3℃冰箱中保存，通常建議平板不超過2～4 周，瓶裝及試管裝培養基不超過3～6 個月，除非某些標準或實驗結果表明保質期比上述的更長。建議需在培養基中添加的不穩定的添加劑應即配即用，除非某些標準或實驗結果表明保質期更長；含有活性化學物質或不穩定性成分的固體培養基也應即配即用，不可二次融化。培養基的貯存應建立經驗證的有效期。觀察培養基是否有顏色變化、蒸發/脫水或微生物生長的情況，當培養基發生這類變化時，應禁止使用。
培養基使用或再次加熱前，應先取出平衡至室溫。
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