1.個體微小，結構簡單
在形態上，個體微小，肉眼看不見，需用借助顯微鏡觀察，細胞大小以微米和納米計量。
2.繁殖快
生長繁殖快，在實驗室培養條件下，細菌幾十分鍾至幾小時可以繁殖一代。
3.代謝類型多，活性強。
幾乎可以利用所有的營養物質。
4.分布廣泛
有高等生物的地方均有微生物生活，動植物不能生活的極端環境也有微生物存在。
5.數量多
在局部環境中數量眾多，如每克土壤含微生物幾千萬至幾億個。空氣以及水資源中也含有大量的微生物。在所有生物類群中，已知微生物種類的數量僅次於被子植物和昆蟲。
6.易變異
相對於高等生物而言，較容易發生變異，由於微生物的結構簡單，相對其的遺傳物質較簡單，另外它的分列式繁殖使得它較高等生物有很大的變異性。微生物種內的遺傳多樣性非常豐富，即使是相同的種群由於培養環境的不同也會使其根據營養情況進行不可逆轉的變換。
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