內部質量控製是由實驗室對其所承擔工作進行連續評估的所有程序組成，其主要目的是確保每個工作日檢測結果的連貫性及其與特定標準的一致性。
製定周期檢查程序以證實檢測的可變性在控製範圍之下。控製方法舉例：
使用添加已知水平的標準培養物的樣品
使用標準物質
平行實驗
檢測結果的平行評估
很少進行的項目，與檢測同時進行的驗證程序更為適合。
食品和動物飼料微生物學.微生物計數的水平法.30℃時的菌落計數技術.( ISO 4833:2003)
重複性極限: 相同方法,同一試驗材料,在相同條件下和短暫的時間間隔, 所測得的兩個獨立結果之差的絕對值不能大於重複性極限(r=0.25)
舉例: 結果1: 105,另一結果的範圍為log104.75-log105.25 =56000-178000
再現性極限:相同方法,同一試驗材料,在不同條件下所測得的兩個測試結果之差的絕對值不能大於重複性極限(r=0.45)
舉例: 結果1: 105,另一結果的範圍為log104.55-log105.45 =36000-280000
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