革蘭氏陰性杆菌或球杆菌，大小為1-3.5×0.5-1.3μm.大多以單個散在的形式分布，偶爾成短鏈狀或堆狀
小腸結腸炎耶爾森氏菌不形成芽胞，無莢膜，有周身鞭毛；但鞭毛隻有在30℃以下的條件培養時才可形成，溫度較高時即喪失，因此在30℃以下有動力，而35℃以上則無動力。
兼性厭氧
營養要求不高
4~40℃均能生長，生長最適溫度20至28 ℃ 。但在4度也能生長，將此菌培養24h後，可形成扁平、半透明的小菌落。
本菌生長溫度為30-37℃，但在22-29℃才能使本菌的某些特性出現。4℃時能保存和繁殖。本菌繁殖所需要的時間較長。在SS或麥康凱瓊脂上於25℃經24小時培養，菌落細小，至48小時直徑才增大至0.5-3.0mm。菌落圓整、光滑、濕潤、扁平或稍隆起，透明或半透明；
在麥康凱瓊脂上菌落淡黃色，如若微帶紅色，則菌落中心的紅色常稍深。本菌在肉湯中生長呈均勻混濁，一般不形成菌膜。
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