1.如果高稀釋度平板上的菌落數比低稀釋度平板上的菌落數高，則說明檢驗過程中可能出現差錯或樣品中含抑菌物質，這樣的結果不 可用於結果報告。
2.如果平板上出現鏈狀菌落，菌落間沒有明顯的界限，這可能是瓊脂與檢樣混勻時，一個細菌塊被分散所造成的。一條鏈作為一個菌落計。若培養過程中遭遇昆蟲侵入，在昆蟲爬行過的地方也會出現鏈狀菌落，也不應分開計數。
3.如果平板上菌落太多，不能計數時，不能用多不可計作報告。應在最高稀釋度平板上任意選取2個1cm2的麵積，計算菌落數，除2求出每cm2麵積內平均菌落數，乘以63.6(皿底麵積cm2數)。
4.如果檢樣是微生物類製劑（酸牛奶、酵母製酸性飲料等），在進行菌落計數時應將有關微生物（乳酸菌、酵母菌）排除，不可並入檢樣的菌落總數內作報告。
5.在進行菌落計數時，檢樣中的黴菌和酵母菌也不應計數。
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