小腸結腸炎耶爾森氏菌在分類學上，屬於腸杆菌科耶爾森氏菌屬。它具有很多腸杆菌科細菌的特性。通常用於腸道致病菌的培養方法都可以用於分離小腸結腸炎耶爾森氏菌。
根據耶爾森氏菌在生物化學上的多樣性和DNA的相關性，可以將這個群體的成員分為4種：小腸結腸炎耶爾森菌，中間耶爾森氏菌，弗氏耶爾森菌和 克氏耶爾森菌。後來耶爾森氏菌屬增加到11個種，其中有3種對人類有潛在的致病性：鼠疫耶爾森氏菌(Y.pestis)，小腸結腸炎耶爾森氏菌(Y.enterocolitica)和假結核耶爾森氏菌(Y.pseudotuberculosis) 。小腸結腸炎耶爾森菌是本屬中間最重要的食源性致病菌。
小腸結腸炎耶爾森氏菌是30年代引起注意的急性胃腸炎型食物中毒的病原菌，為人畜共患病。潛伏期約攝食後3～7天，也有報導11天才發病。病程一般為1～3天，但有些病例持續5～14天或更長。
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