對於每個陽性樣品，保存檢出的食源性致病菌分離株，以便用於進一步的研究；分離菌株的編號應具有唯一性，標識清楚；標簽應防水、字跡耐凍；各省級實驗室應建立食源性致病菌菌種庫，妥善保存食源性致病菌分離株。
推薦常見的食源性致病菌菌株保藏方法有以下2 種：
1. 甘油冷凍保藏法
（1） 保藏時間
本方法適合於菌種的長期保藏，保藏時間可達10 年以上。
（2） 方法
在充分加熱混勻的BHI（副溶血性弧菌、創傷弧菌保存時BHI 中NaCl 應加
至3%）中加入甘油，使甘油達總體積的40%～50%，充分混合，分裝至菌種保存管（2 mL 左右），121 ℃高壓20 min，備用；使用無菌棉簽從非選擇性平板上取新鮮純培養菌落，加入裝有BHI 和甘油的無菌凍存管中，混勻後，-80℃保存（如果無-80℃冰箱，可選擇-40℃保存，但保存效果較差）。
（3） 注意事項
每株菌至少保存2 管，分別放置在2 個不同凍存盒中，一盒日常使用，另外一盒長期保存；使用時，取出相應的凍存盒，快速接種，以避免反複凍融；使用時，無菌操作，避免汙染。
2. 半固體保藏法
（4） 保藏時間
本方法適合於短期菌種保藏，保藏時間一般為3～6 個月。
（5） 方法
無菌操作，挑取待保藏的菌種，穿刺接種約含5 mL 無菌半固體營養瓊脂或
半固體腦心浸液瓊脂（副溶血性弧菌、創傷弧菌保存時BHI 中NaCl 應加3%）的小試管（約15 mm×100 mm）中。無菌操作吸取滅菌液體石蠟，加入已培養好的菌種上麵，液體石蠟用量以高出半固體1 cm 為準，使菌種與空氣隔絕。將試管直立，置4 ℃或室溫（副溶血性弧菌、創傷弧菌）下保存。
（6） 注意事項
副溶血性弧菌和創傷弧菌應放置室溫保存。
此外，也可以購買商品化的菌種保存管保存菌株，具體方法見生產廠家提供的操作指南。
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