引起中毒的食品種類因地區和飲食習慣不同而異：
國內以家庭自製植物性發酵食品為多見，如臭豆腐、豆醬、麵醬、豆豉等，其次為肉類和罐頭食品，醬菜和涼拌菜等引起中毒也有報道，蜂蜜製品與嬰兒肉毒中毒有關。在新疆察布查爾地區引起中毒的食品多為家庭自製穀類或豆類發酵食品（米鬆乎乎），在青海主要為越冬密封保存的肉製品。
歐洲各國肉毒梭菌中毒的食物多為火腿、臘腸及其他肉類製品；美國主要為家庭自製的蔬菜、水果罐頭、水產品及肉、乳製品；日本90％以上的是由家庭自製魚和魚類製品引起。
來源及中毒原因
食物中肉毒梭菌主要來源於帶菌土壤、塵埃及糞便，尤其是帶菌土壤可汙染各類食品原料。這些被汙染的食品原料在家庭自製發酵和罐頭食品的生產過程中，加熱的溫度或壓力不足以殺死肉毒梭菌的芽孢，且為肉毒梭菌芽孢的萌發與產生毒素提供了條件，尤其是食品製成後，有不經加熱而食用的習慣，更容易引起中毒的發生。
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