檢樣經均質處理後，及時接種培養，進行增菌、產毒，同時進行毒素檢測試驗。
肉毒毒素檢測 肉毒毒素的毒性極強，所以處理所有被懷疑含該毒素的材料時必須謹慎。
標本的采集、運輸及保存
食品標本：可疑食品采集後應盡快送檢，密封食品，直至檢驗開始以前不要啟封，非密封食品應采集於滅菌容器中，若需要遠運，標本應裝入嚴密的容器，置於冰壺中冷藏。
體液或組織標本：發生肉毒中毒時，若能直接從患者血清中檢出肉毒毒素，是最可靠的實驗室診斷。采血量應足夠中和試驗用。血清、嘔吐物、糞便及屍體標本均須裝入滅菌容器中，盡快送檢。水產動物的髒器標本應以消化道為主。
土壤：以滅菌工具由地表麵下10~20cm處取土，裝入滅菌容器。
標本的處理
為了盡量保持肉毒毒素的穩定，稀釋液應用明膠磷酸鹽緩衝液。
血清分離後可直接供作肉毒毒素檢測試驗，無需另加處理。
液狀檢樣可直接離心，固體或半流動檢樣須加適量（例如等量、倍量或 5倍量、10 倍量）明膠磷酸鹽緩衝液浸泡、研碎，然後離心，取上清液進行檢測。 另取一部分上清液，調 pH6.2，每 9 份加 10%胰酶（活力 1：250）水溶液 1份，混勻，不斷輕輕攪動，37℃作用 60 min，進行檢測。（E 型及非蛋白分解的B、F型肉毒梭菌產生的前體毒素，做動物試驗時，須激活，使之變為活化毒素。）
肉毒毒素方法介紹
小鼠生物檢測：是目前唯一被公認的確認肉毒毒素的方法，是檢測肉毒毒素的金標準。
基於免疫化學的檢測方法（A、B、E、F型肉素的檢測）：
ELISA法：用來檢測肉毒毒素已經有20多年了，但是常規ELISA的檢測靈敏度遠遠低於小鼠生物檢測。目前試用的有amp-ELISA、DIG- ELISA，提高了靈敏度，此方法已被用於檢測食物樣品，檢測時間大約需要6h。但是存在型間交叉的問題，陽性樣品仍需小鼠生物檢測法進行確認。
PCR法：目前還沒有用此方法檢測樣品，原因是其靈敏度非常高，容易受樣品基質的幹擾得至假陽性結果。檢測純水中的毒素隻需3h。
目前已發表或試用的其它方法：免疫電泳法、放射免疫法、瓊脂凝膠擴散法等。但這些方法的敏感性都不如小鼠生物檢測法高
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