1、使用菌種的單位，應具備從事微生物工作的條件和設備。
菌種應由專人負責管理，管理人員應具有微生物專業知識和技術水平，並應具有較強的責任心。
2、實驗室必須建立菌種保存和使用文件化的程序管理製度.
3、菌種應冷藏或冷凍保存，保存菌種的冰箱不得放置食品和易揮發性藥品，放置菌種的專門冰箱，應上鎖管理。
4、應由專人按操作規程和有關要求定期進行傳代，並定期對保存的菌種進行檢查，一般每年1～2次，（或定期更換棟幹菌種）。
詳細記錄
菌種的來源、接收、傳代、分離、複壯、使用和鑒定等均應做好詳細記錄。包括菌種傳代或使用時間、名稱、菌號、代數、傳代或保存形式、分離複壯方式、使用內容、鑒定情況等都應進行詳細的記錄。
菌種不得隨意帶出實驗室，外單位索取、購買應由登記，並包裝嚴密。
菌種處理應嚴格按操作規程進行，滅菌處理應有詳細記錄。
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