檢驗方法是檢驗活動的重要技術依據，必須嚴格執行國家法律法規所承認的現行有效的國家標準、行業標準、產品注冊標準、和經批準的企業標準等進行檢驗。對非標準方法必須經過確認後方可應用，以確保檢驗結果的合法性、可靠性和一致性。為保證微生物學的檢驗質量應做到以下5點：
1.選擇正確的微生物學檢驗方法 （1）首選現行有效的國家藥典和國家標準規定的方法；（2）進口檢品或新藥檢品，應按照注冊標準及複核程序進行嚴格的複核；（3）對不適當的國內企業標準提出修改意見，報上級主管部門；（4）對進口藥品則應根據我國藥典有關規定進行修訂，製訂可靠、可行的標準，報上級主管部門作為注冊標準備案；（3）當客戶指定或提出的檢驗方法不適合或超出現有的檢驗能力範圍時，應與客戶溝通並幫助客戶確定正確、合適的檢驗方法並達成一致意見。
2.檢驗方法的確認 （1）實驗室的技術管理層應對檢驗方法的正確使用進行監督，防止在檢驗過程中發生擅自偏離和使用不當。（2）當檢驗過程中發現標準方法不足以反映檢品質量、需對現有方法擴展或建立新檢驗方法時，應由檢驗項目負責人向技術管理層申請；經立項評審通過後；進行有關實驗設備設施的配備；由檢驗項目負責人建立方法並通過驗證試驗、方法比較、結果不確定度評價等工作予以確認；報技術管理層批準；並按偏離控製程序 修改原已得到確認和審定的檢驗方法。（3）如檢驗方法在檢驗過程中發生偏離和使用不當造成不符合狀況時，應及時啟動不符合檢驗工作控製程序 和糾正措施控製程序 對不符合項進行控製、糾正。
3.建立標準操作規程(SOP) 對選定和經確認的每項微生物學檢驗方法均應有按 標準操作規程(SOP)編製程序 編寫的該方法的標準操作規程（SOP，）或按現行版中國藥品生物製品檢定所編寫的《中國藥品檢驗標準操作規範》中相關項目檢驗。
4.測量不確定度的評定 微生物學實驗的不確定度的來源包括（但不限於）所用的方法和設備、環境條件、對照用菌種、樣品的抑菌性能和狀態、以及操作人員。目前我國開展微生物學檢驗的測量不確定度的評定還很少。
5.檢驗數據的控製 （1）檢驗人員應按檢驗方法的規定認真進行實驗數據的記錄、計算；審核人員應認真校核計算公式和結果的正確後簽字確認。（2）當利用計算機和自動化設備對檢測數據進行采集、處理、記錄、報告、存儲、檢索及由分析儀器打印出的數據、圖表，均應認真分析和簽字後作為檢驗原始記錄歸檔保存。
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