大腸菌群是作為糞便汙染指標菌提出來的，主要是以該菌群的檢出情況來表示食品中有否糞便汙染。大腸菌群數的高低，表明了糞便汙染的程度，也反映了對人體健康危害性的大小。
糞便是人類腸道排泄物，其中有健康人糞便，也有腸道患者或帶菌者的糞便，所以糞便內除一般正常細菌外，同時也會有一些腸道致病菌存在（如沙門氏菌、誌賀氏菌等），因而食品中有糞便汙染，則可以推測該食品中存在著腸道致病菌汙染的可能性，潛伏著食物中毒和流行病的威脅，必須看作對人體健康具有潛在的危險性。
大腸杆菌超標
大腸菌群細菌多存在於溫血動物糞便、人類經常活動的場所以及有糞便汙染的地方 ,其最適宜的生存環境是在37℃,與人體體溫接近,所以人為的帶入大腸杆菌,是食品中大腸杆菌非常重要的來源,而空氣由於溫度和濕度的影響,大腸菌群不容易生長.為此出現的大腸杆菌超標很大程度上表明我們車間的個人衛生不理想,造成了嚴重的汙染要引起我們的高度重視.另外在一段時間裏我們車間空氣檢測出大腸菌群超標,這是由於車間的衛生清理不徹底,造成細菌的大量繁殖,所以在相同劑量殺菌時不能有效滅菌,在配製消毒劑時相應增大了濃度.
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