1.食物型肉毒中毒
是由於誤食含有肉毒毒素的食品而引起的細菌毒素食物中毒。本病潛伏期最短為6小時，最長為8-10天，一般為1-4天。潛伏期越短，病情越嚴重。
前驅症狀為全身疲倦乏力、頭暈、頭痛、食欲不振、走路不穩。少數患者有惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉等胃腸炎症狀。前驅症狀後，即出現明顯的中毒症狀。症狀有眼瞼下垂、複視、瞳孔散大、對光反射遲鈍、聲音嘶啞、失音、口腔分泌物增多，但不能下咽，反而感到口幹、吞咽困難、頸肌無力、頭下垂等。病情嚴重者出現呼吸麻痹，以至呼吸困難而死亡。患者直到死亡以前，其意識一直很清楚。肉毒中毒的病死率為40-60%。
病人恢複較緩慢，視覺障礙恢複特慢，有時需數月之久。
2、嬰兒型肉毒中毒
發病年齡多小於6個月，報道年齡6天～11個月，其發病機製與毒素食物型不同。嬰兒食品中測不出肉毒毒素，但患兒糞便中可查到肉毒梭菌及其毒素，這是由於攝入肉毒梭菌後在腸道內繁殖並產生外毒素被吸收所致。食用汙染的蜂蜜而發病者占15%，1981年美國兒科學會及CDC建議12個月以下嬰兒不要進食蜂蜜 。
常見臨床表現是便秘(可曆時數天) ，不能吸吮和吞咽困難 ，全身明顯軟弱無力 ，哭聲低微， 頭不能豎直或抬頭， 深部腱反射減弱等， 腦神經麻痹症狀有眼瞼下垂， 眼和麵部活動減少， 瞳孔對光反應遲鈍等， 自主神經受損時有張口反射減弱 ，口腔分泌物增多等。
3、創傷型肉毒中毒
當病人的臨床症狀符合肉毒中毒症，而流行病學上沒有食品佐證時，應考慮到創傷肉毒中毒。其臨床表現無明顯的胃腸道症狀，有發熱和單側性感覺異常。潛伏期較毒素食物中毒長（1~17天）。因創傷感染而中毒，主要是細菌在體內發育、增殖並產生外毒素的過程，病死率較低。其診斷依據從傷口分離出肉毒梭菌及血清毒素測定。
成人的嬰兒型肉毒中毒
當成人腸道手術胃酸缺乏引起腸道pH值改變應用抗生素導致腸道菌群失調等情況下腸道缺乏肉毒梭菌的抑製菌食入肉毒梭菌的芽孢後可在腸道內繁殖並產生外毒素而致病。
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