細菌的特殊結構包括莢膜、鞭毛、菌毛、芽胞。
一、莢膜Capsule
某些細菌細胞壁外圍包繞一層界限分明、不易被洗脫的蒙古液性物質，其厚度≥O.2μm ，稱為莢膜；厚度＜0.2μm 者，稱為微莢膜。莢膜對堿性染料的親和性低，不易著色，普通染色隻能看到菌體周圍有一圈未著色的透明帶;如用墨汁作負染色，則莢膜顯現更為清楚( 圖1 - 7) 。
二、鞭毛Flagella
所有的弧菌、螺菌，大多數的杆菌以及極少數球菌，在菌體上附著有細長呈波狀彎曲的絲狀物， 是細菌的運動器官，稱為鞭毛。鞭毛纖細長3~20μm ，直徑僅1O ~ 20 nm ，不能直接在光學顯微鏡下觀察到。經特殊的鞭毛染色使鞭毛增粗並著色後，才能在光學顯微鏡下看到(圖1-8) ，也可直接用電子顯微鏡觀察(圖1-9）。
按鞭毛的數目及其排列，可將有鞭毛的細菌分為四類(圖1 - 10): 單毛菌( monotrichate) 、雙毛菌(amphitrichate) 、叢毛菌( lophotrichate) 和周毛菌( pe ritrichate ) 。
三、菌毛Pili , Fimbriae
許多革蘭陰性細菌菌體上有比鞭毛更細、短而直硬的絲狀附屬物，稱作菌毛。菌毛數目較多(lOO~500 根) ，遍布菌體表麵，化學成分主要是蛋白質(菌毛蛋白)，光學顯微鏡下看不到需借助電子顯微鏡觀察(圖1-11) 。
根據菌毛的形態、分布和功能，又分為普通菌毛(common pili ) 和性菌毛( sex pili ) 。普通菌毛數量較多(可多至數百根) ，均勻分布於菌體表麵，作為一種站附結構，幫助細菌黏附於宿主細胞的受體上，構成細菌的一種侵襲力;性菌毛僅見於少數革蘭陰性菌，比普通菌毛長而粗，但數量少(l ~4 根) ，並隨機分布於菌體兩側。帶有性菌毛的細菌具有致育性，稱F+ 菌。當細菌間由性菌毛結合時， F+ 菌可將毒力質粒、耐藥質粒和核質等遺傳物質通過管狀的性菌毛輸入F+ 菌，從而使F+ 菌也獲得F+ 菌的某些特征。此外，性菌毛也是某些噬菌體吸附於細菌表麵的受體。
四、芽胞Spore
某些細菌在一定的條件下胞質脫水濃縮，在菌體內形成由多層膜包裹的圓形或卵圓形小體，稱作芽胞。芽胞帶有成套的核質、酶和合成菌體成分的結構，能保持細菌的全部生命活性。芽胞形成後，菌體即成空亮。在適當的條件下，芽胞又可發芽而形成新的菌體。產生芽胞的細菌都是革蘭陽性細菌，與醫學有關的是需氧芽胞杆菌和慶氧芽胞梭菌。芽胞折光性強，壁厚，不易著色，需經媒染和加熱染色，在光學顯微鏡下可見。芽胞的大小、形態及在菌體中的位置隨菌種不同而異(圖1 - 12 ) 。
成熟的芽胞具有多層厚膜結構。芽胞核心是芽胞的原生質，含有細菌原有的核質和蛋白質( 主要是核蛋白體和酶類) 。核心的外層依次為內膜、芽胞膜、皮質層、外膜、芽孢殼和芽胞外壁，形成堅實的球狀體(圖1 - 13) 。
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