菌種鑒定工作是各類微生物學實驗室都經常通到的基礎性工作丨不論鑒定對象雇皤一類，其工作步驟都離不開以下三步：①獲得該微生物的純種培養物（pure culture）②測定一係列必要的鑒定指標；③査找權威性的鑒定手冊。
不同的微生物往往有自己不同的重點鑒定指標.例如，在鑒定形態特征較豐富、形體較大的真菌等微生物時.常以其形態持征為主要指標；在鑒定放線菌和酵母菌時，往往形態特征與生理特征兼用；而在鑒定形態特征較少的細菌時，則須使用較多的生理、生化和遺傳等指標；在鑒定病毒時，除使用電子顯微鏡和各種生化、免疫等技術外，還要使用一係列獨特的方法（在本節中未予介紹）。
通常把鑒定微生物的技術分成四個不同水平：①細胞的形態和習性水平，例如用經典的研究方法，觀察細胞的形態特征、運動性、酶反應、營養要求和生長條件等，②細胞組分水平，包括細胞組成成分例如細胞壁成分，細胞氰基酸庫，脂類，醌類，光合色素等的分析，所用的技術除常規實驗室技術外，還使用紅外光譜、氣相色譜和質譜分析等新技術。③蛋白質水平，包括氨基酸序列分析、凝膠電泳和血請學反應等若幹現代技術，④基因或DNA水平，包括核酸分子雜交（DNA與DNA或DNA與RNA）, G+C mol%值的測定，遺傳信息的轉化和轉導，16sRNA（核糖體RNA）寡核苷酸組分分析，以及DNA與RNA的核苷酸順序分析等，在微生物分類學發展的早期，主要的分類鑒定指標尚停留在細胞的形態和習性水平上，這類方法可稱作經典的分類鑒定方法；從本世紀60年代起，後三個水平的分類鑒定的理論和技術即化學分類學開始發展，並為探索微生物的自然分類係統打下了堅實的基礎，這些方法再加上數值分類法，可稱為現代的分類鑒定方法。
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