若檢測時不需要液體增菌，則可用選擇性培養基直接計數，若使用液體複蘇或增菌操作步驟，則可用改進的多管計數法進行定量檢測，對照MPN值表可得出檢測結果。使用這種方法時，對樣品至少要進行3個稀釋度的稀釋。
用液體增菌時，也可遵循沙門氏菌委員會的方案和標準取樣計劃。該委員會建議每個樣品單位為25g並遵循下麵的簡化公式取樣:
n=(-2.3/d)log(1-p)
式中n——所取樣品的數量
若所有的測試管均為陰性結果，就意味著當置佶區間為p時，整批樣品中陽性樣品的平均數小於d。對於95%的置信區間：n≈3/d
將所取的樣品混合後檢驗，能得到較可信的結果。在一批食品中隨機抽取n份樣品，檢測前，對樣品進行混合。例如，抽取30份樣品（n=30），每份樣品重25g；同樣也可以取3份樣品，每份250g。盡管樣品的總質量相同，但采用不同的取樣方法，在檢測時間和培養基等耗材的用量上會有很大差別，所以製定取樣計劃時要認真考慮這些因素。
分離致病菌時使用較為廣泛的另一種方法是疏水格濾膜法(HGMF)，這種方法能對樣品的單個稀釋度進行MPN值計數。檢測時可以將薄膜從一個培養基轉接到另一個培養基，從而合並了複蘇和前增菌操作步驟。但在用這種方法檢測沙門氏菌時，假陰性結果很高，達到了 3代，而且也不節省檢測時間，因此他們不建議用這種方法檢測沙門氏菌或對其進行計數。
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