(1)從革蘭氏染色來分：
細菌可分為革蘭氏陽性菌和 革蘭氏陰性菌
革蘭氏陽性菌中，比較有代表性是金黃色葡萄球菌和單核李斯特氏菌。金黃色葡萄球菌革蘭氏染色後，在顯微鏡下呈紫色的圓形菌；單核李斯特氏菌革蘭氏染色後，在顯微鏡下呈紫色的杆形菌。
革蘭氏陰性菌中，比較有代表性是大腸杆菌，革蘭氏染色後，在顯微鏡下呈紅色的小短杆形菌。
革蘭氏染色的原理：革蘭氏染色法是細菌學檢測工作中應用最為廣泛的一種染色方法。但其原理至今尚未完全闡明。所有研究者的共同認為與下述因素有關：a)細菌細胞壁結構上的差異，革蘭氏陽性菌細胞壁的結構較致密，肽聚糖層厚，含脂質少，乙醇不易透入。因此，染料和碘的複合物不易為乙醇所溶出。革蘭氏陰性菌細胞壁的結構疏鬆，肽聚糖層薄，含大量脂質，乙醇容易透入而脫色。若革蘭氏陽性菌細胞壁缺損，其染色性可變為陰性。b) 革蘭氏陽性菌含有核糖核酸鎂鹽，易和結晶紫-碘複合物結合而不易脫色。c) 革蘭氏陽性菌等電點在PH2-3，比陰性菌(PH4-5)為低，因此，陽性菌和堿性染料的結合力比陰性菌強。
(2)從形態來分，可分為：
球菌：典型的有金黃色葡萄球菌
杆菌：大腸杆菌
弧菌：霍亂弧菌
(3)從需氧和厭氧性來分：
需氧菌：大腸杆菌
兼性菌：沙門氏菌
厭氧菌：產氣莢膜梭菌
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