誌賀氏菌屬細菌的形態與一般腸道杆菌無明顯區別，為革蘭氏陰性杆菌，長約2-3μ m ,寬0.5- 0.7μm 不形成芽胞，無莢膜，無鞭毛，有菌毛。DNA的G+C為49-53克分子%（Tm法）。
需氧或兼性厭氧。營養要求不高，能在普通培養基上生長，最適溫度為37℃，最適pH為6.4-7.8。37℃培養18-24小時後菌落呈圓形、微凸、光滑濕潤、無色、半透明、邊緣整齊，直徑約2nm。宋內氏菌菌落一般較大，較不透明，並常出現扁平的粗糙型菌落。在液體培養基中呈均勻渾濁生長，無菌膜形成。
本菌屬都能分解葡萄糖，產酸不產氣。大多不發酵乳糖，僅宋內氏菌遲緩發酵乳糖。靛基質產生不定，甲基紅陽性，VP試驗陰性，不分解尿素，不產生H2S。根據生化反應可進行初步分類。
誌賀氏菌屬的細菌對甘露醇分解能力不同，可分為二大組。
A、不分解甘露醇組：
主要為誌賀氏菌
靛基質陽性（1、3、4、5、6、9、10型）
靛基質陰性（2、7、8型）
B、分解甘露醇組：
包括福氏、鮑氏、宋內氏菌。
分解乳糖的宋內氏菌
不分解乳糖的福氏和鮑氏菌。
後者進一步再根據靛基質產生與否，分為:靛基質陽性（福氏菌1、2、3、4、5型和鮑氏菌5、7、9、11、13、15型）
靛基質陰性（福氏菌6型和鮑氏菌1、2、3、4、6、8、10、12、14）。
抗原構造與分型：誌賀氏菌屬細菌的抗原結構由菌體抗原（O）及表麵抗原（K）組成。主要抗原有三種。
型特異性抗原
型多糖抗原為菌體抗原的一種，是光滑型菌株所含有的重要抗原。當菌株變為粗糙型時，此抗原也常隨之消失，各菌型所含的型抗原不同，可用於區別菌種的型別。
群特異性抗原
為光滑型菌株的次要抗原，也是菌體抗原的一種。特異性較低，常在數種近似的菌內出現。在福氏菌株中，由於所含群抗原不同，可將某些菌型分為多種亞型，如福氏菌2型，根據群抗原不同，可分成2a、2b兩個亞型。
表麵抗原（K抗原）
在新分離的某些菌株菌體表麵含有此種抗原。不耐熱，加熱100℃1小時即被破壞。具有此種抗原的菌株，可阻止菌體抗原與相應免疫血清發生凝集。
根據抗原構造的不同，按最新國際分類法，將本屬細菌分為四個群、39個血清型（包括亞型）（見表二）
表二誌賀氏菌屬抗原的分類
A群：也稱誌賀氏菌群，有10個血清型。不發酵甘露醇，無鳥氨酸脫羧酶，與其他各群細菌無血清學聯係。
B群：也稱福氏菌群，已有13個血清型（包括亞型和變種）。最近又發現3個亞型（1c、4c、5b）。發酵甘露醇無鳥氨酸脫羧酶。抗原結構較複雜，各型間有交叉凝集。每一福氏菌型具有二種抗原，即型特異性抗原和群抗原，前者隻存在於同型菌株中，後者有許多種，存在於福氏各菌型中。例如福氏1b型除含有1型特異性抗原外，尚含有4、6群抗原。
C群：也稱鮑氏菌群，有15個血清型，分解甘露醇，無鳥氨酸脫羧酶。各型內無交叉凝集。
D群：也稱宋內氏菌群，僅有一個血清型。分解甘露醇，有鳥氨酸脫羧酶，遲緩發酵乳糖。有Ⅰ、Ⅱ相之分。
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