細菌的鏡檢的項目有細菌的形態、大小、革蘭氏染色反應，有無芽孢、莢膜、鞭毛以及細胞運動情況等。
1、細菌的製片方法：在鏡檢前必須將被檢物製成玻片標本，才能觀察，用於標本的玻片應非常幹淨。
根據被檢物所要檢查的項目和供檢材料的不同，其製片方法有以下三種：
①普通法（壓片法）：用普通法製作活細菌標本，不但便於觀察細菌的運動，而且還能觀察細菌的形狀、大小和芽孢。其方法是：在幹淨的載玻片上滴一滴蒸餾水，用接種環挑取一環供檢材料放入水中並混勻，若供檢材料為液體而不太濃時，則不必加水。然後加放蓋玻片，在蓋片時，應先把蓋片的一端放在載玻片上，再慢慢向下壓蓋，勿使水從該玻片邊緣溢出。同時避免發生氣泡，然後用幹淨的玻璃棒等使蓋片緊貼在載玻片上。
為了便於觀察，可用美藍或複紅等染色液代替誰使用，將細菌染成藍色或紅色，然後把蓋玻片蓋上，在進行鏡檢，這樣看的較為清晰。
②懸滴法：懸滴法用於觀察生活狀態的細菌，如細菌的運動、繁殖方式、孢子萌發等。其方法是：取一滴蒸餾水或培養液於幹淨的蓋玻片中央，再取一環培養好的菌體，接種於蓋玻片的液滴中，然後將蓋玻片翻轉過來，蓋於凹玻片的凹窩中，使菌液正好倒垂在載玻片的凹窩中央，不要使水滴碰到凹窩的壁和底。為防止幹燥，在蓋玻片邊沿上塗上凡士林，使菌液緊緊處在密閉的小室中，即可鏡檢。因為沒有染色的活細菌是透明的，不易看到，必須降低聚光器或縮小光圈，以減少照明強度，認真觀察，才能得到良好效果，若觀察其繁殖或孢子萌發時，需將帶有懸滴的玻片放在底部鋪有濕紙或濕棉的培養皿中，以便保濕，蓋好皿蓋進行定溫培養，而後鏡檢。
③塗片法：塗片法適用於細菌結構的觀察，其方法是：首先在幹淨的載玻片中央加一滴蒸餾水，用滅菌的接種環取少許菌體，放在載玻片上，與水混合塗成直徑約為1cm的均勻薄片，即成塗片。用這種塗片法製的標本在顯微鏡下一般不直接看，經染色後才能看得清晰。
2、細菌的染色方法：由於細菌個體透明，在光學顯微鏡下不易觀察到其形態，必須借助於染色的方法使菌體著色，增加與背景的明暗對比，才能在光學顯微鏡下較為清楚地觀察其個體形態和部分結構。
按照所用染料種類的不同，可將染色法分成兩大類：單染色法和複染色法。
單染色法又稱普通染色法，隻用一種染料染色，適用於菌體一般形態觀察。操作過程為：按塗片法製成的塗片，進行固定，固定方法有自然幹燥或加溫幹燥。通常采用加溫固定，可在酒精燈火焰上快速來回烘烤塗片背麵，以手摸載片發燙時為宜。在固定好的玻片上加染色液1~2滴（呂氏美藍或堿性複紅液），使其蓋滿玻片，靜止1~2min。用細小水流慢慢衝去染料，再用吸水紙吸去玻片上的水分，待晾幹後即可鏡檢。
複染色法（革蘭氏染色法）又稱鑒別染色法，是用兩種或多種染料進行染色，有幫助鑒別細菌之用。最常用的為革蘭氏染色法。染色結果，菌體呈紫色的為革蘭氏陽性菌（G+），紅色者為革蘭氏陰性菌（G-）
其操作步驟如下：
①塗片固定：取培養24~48h的細菌按單染色法塗片固定。
②初染：滴加結晶紫液，全部覆蓋於塗片上，染色1min後，用細水流衝洗，而後用吸水紙輕輕吸幹。
③媒染：加路氏碘液，1min後水洗，同樣用吸水紙吸幹。路氏碘液是一種媒染劑，具有助染作用。
④脫色：加95%（體積分數）酒精經10~30秒後，水洗，同樣用吸水紙吸幹。
⑤複染：加石炭酸複紅液染0.5min後，水洗，吸幹。即可在油鏡下鏡檢。
在進行革蘭氏染色過程中，以塗片和酒精脫色這兩步最為關鍵。塗片切不可過於濃厚，要求薄而均勻。過於密集的細菌塗片常常影響脫色結果，而呈現假陽性反應。95%（體積分數）酒精，這種脫色劑，脫色能力很強，所以要求脫色時應恰當掌握。脫色過輕，陰性菌脫色不掉紫色會造成假陽性；若脫色過重，陽性菌的紫色也會被脫掉而造成假陰性。
此外，革蘭氏染色的結果還與菌齡有關。一般幼齡菌的革蘭氏染色反應比較正常，老齡菌的革蘭氏染色反應常有變化，特別是革蘭氏陽性菌，在老齡時常是陰性反應。因此，革蘭氏染色所用的菌種一般是24~48h的培養物。
3、細菌芽孢、莢膜、鞭毛染色法：細菌芽孢染色法：芽孢染色法是利用細菌和菌體對染料的親和力不同的原理，用不同染料進行著色，使芽孢和菌體呈不同的顏色而便於區別，芽孢壁厚、透性低，著色、脫色均較困難。因此，當先用一弱堿性染料，如孔雀綠或堿性品紅，在加熱條件下進行染色時，此染料不僅可以進入菌體，而且也可以進入芽孢。進入菌體的染料可經水洗脫色，而進入芽孢的染料則難以透出。若再用複染液（如番紅液）或襯托液（如黑色素）處理，則菌體和芽孢易於區分。其操作過程如下：
①將培養24h左右的芽孢杆菌作塗片、幹燥、固定。
②滴加3~5滴孔雀綠染色液於已固定的塗片上。
③用木夾夾住載玻片在火焰上加熱，使染液冒蒸汽，但勿沸騰。切忌時染液蒸幹，必要時可添加少許染液。加熱時間從染液冒蒸汽開始約4~5min。
④傾去染液，待玻片冷卻後水洗至孔雀綠不再褪色為止。
⑤用番紅水溶液複染1min，水洗。
⑥待幹燥後，置油鏡觀察，芽孢呈綠色，菌呈紅色。
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