第一法:多管發酵法
培養基和試劑
乳糖蛋白腖培養液
伊紅美藍瓊脂
革蘭氏染色液
推測性試驗
1、在2個裝有50ml三倍濃縮乳糖膽鹽培養液的大試管或燒杯內個加入水樣100ml。
2、在10支裝有5ml三倍濃縮乳糖膽鹽培養液的試管中各加入水樣10ml。
3、輕搖試管使液體充分混勻，置36℃±1℃培養箱中，培養24h。
4、觀察每管是否產氣，如果不產氣則報告為大腸菌群陰性；反之則推測性試驗陽性，需做進一步的證實試驗。
證實試驗
1、平板分離
自推測性試驗的陽性管中取一接種環培養液，接種到伊紅美藍瓊脂平板上，置於36℃±1℃培養箱培養18~24h，觀察菌落形態，典型的大腸菌群菌落為黑紫色或紅紫色，具有金屬光澤。
2、複發酵試驗
挑取可疑大腸菌群菌落1或2個進行革蘭氏染色，同時接種乳糖發酵管，於36℃±1℃培養箱中，培養24h。
3、凡乳糖發酵管最終產酸、產氣、革蘭氏染色為陰性的無芽孢杆菌，為大腸菌群陽性，記下證實試驗的陽性管數，查總大腸菌群（MPN）檢索表得出1000ml水樣中大腸菌群的MPN值。
第二法：濾膜法
1、濾膜滅菌：將濾膜放入含蒸餾水的燒杯中，煮沸滅菌三次，每次15min，前兩次煮沸後需更換水洗滌2~3次，以除去殘留溶劑。
2、濾膜滅菌：用121℃高壓滅菌20min或用點燃的酒精棉球火焰滅菌。
3、水樣過濾：用無菌鑷子夾取滅菌濾膜邊緣部分，將粗糙麵向上，貼放在濾床上，固定好濾器，將100ml水樣（如水樣含菌數較多，可減少濾水樣或將水樣稀釋）注入濾器中，打開濾器閥門，在一0.5×105 Pa（-0.5大氣壓）下抽濾。
4、培養：水樣濾完後，再抽氣約5s，關上濾器閥門，取下濾器，用滅菌鑷子夾取濾膜邊緣部分，移放在乳糖瓊脂分離培養基上，濾膜截留細菌麵向上，濾膜應與培養基完全貼緊，兩者之間不得留有氣泡，然後將平皿倒置，放入36℃±1℃恒溫箱內培養18~24h。
5、挑取濾膜上符合下列特征的菌落進行革蘭氏染色，鏡檢。
紫紅色，具有金屬光澤的菌落；
深紅色，不帶或略帶金屬光澤的菌落；
淡紅色，中心色較深的菌落。
6、將革蘭氏染色為陰性的無芽孢杆菌接種到乳糖蛋白腖培養液中，於36℃±1℃培養48h，產酸產氣者證實為大腸菌群陽性。
7、計算濾膜上生長的證實為大腸菌群的菌落數，在乘以10即為每1000ml水樣中的大腸菌群數。
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