細菌的個體很小，通常用微米（um）作為測量單位 。測量球菌大小隻測量其直徑。
一般球菌直徑在0.5—5um之間。測量杆菌和螺旋菌則需測量其長度和寬度。但測量螺旋菌長度時，一般隻測量其彎曲形長度，而不是測量其真正的總長度。杆菌一般長1—5um，寬為0.5—1um。
細菌的大小可用測微尺在顯微鏡下進行測量。由於菌種不同，細菌的大小存在著較大的差異；染色方法不同，同一種菌種測出的結果往往不一樣；細胞的大小常隨著菌齡而發生變化，一般幼齡細菌比成熟的或老年的細菌大得多。 以鑒於以上的原因，有關細菌大小的記載，常是平均值或代表性數值。
單個細菌細胞的質量為10-10——10-9mg，即每g細菌約含1012—1013個細菌菌體。
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