細菌細胞壁內有許多結構。下麵介紹其中重要的幾種結構：
（1）細胞膜
細胞膜是緊貼在細胞壁 內的一層柔軟而又富有彈性的薄膜。在電子顯微鏡下觀察，細胞膜厚度為7—8nm。其基本構造為雙層磷脂，蛋白質有些穿過磷脂層，有些位於表麵。
細菌的細胞膜約占細胞幹重的10%，含60%—70%的蛋白質，20%—30%的脂質，少量的多糖。細胞膜所含 的脂質均為磷脂。磷脂由磷酸、甘油、脂肪酸和含氮堿組成。
細胞膜具有重要的生理功能。它是有高度選擇性的半透性薄膜，控製營養物質及代謝產物的進出。細胞在細胞膜上有著豐富的酶係，如細胞色素氧化酶、氧化磷酸化酶係、電子傳遞係統等，它們起著傳遞 電子和氧化磷酸化的作用。由於細胞壁、莢膜的前驅物質結合在細胞膜的脂質上，所以又認為細胞膜與細胞壁、莢膜的生物合成有關。
（2）中體
細胞膜內陷而成的層狀、管狀或囊狀物，稱為中體。革蘭氏陽性細菌尤為明顯。中體的化學組成與結構和細胞膜相同。它的功能目前還不完全了解。據推測可能與細胞壁的合成、核質分裂、細菌呼吸和芽孢形成有關。有人認為，它在細菌中相當於高等生物中線粒體的作用。
（3）細胞質
細胞膜內包裹著的一團膠體中，除細胞核以外均為細胞質。它是無色、透明、黏稠的膠狀物質，主要成分是蛋白質、核酸、脂質、水分、多糖類及少量無機鹽類。由於細胞質內存在著較多的核酸，所以呈現較強的嗜堿性，幼齡細胞尤為明顯。細胞質中存在著各種內含物，主要有以下幾類：
核糖體 核糖體是分散存在於細菌細中的沉降常數為70S的亞微顆粒，是細胞合成蛋 白質的場所。它由RNA與蛋 白質組成，其中RNA占50%—60%，蛋白質占40%—50 。
質粒 質粒是一種微小的染色體外的遺傳物質。它是一小段環形雙股DNA，能在細胞質中自行複製。它與細菌的遺傳變異有關。
異染顆粒 異染顆粒主要成分是多聚偏磷酸鹽，是一種嗜堿性的酸性小顆粒，故易被堿性染料著色。
多糖顆粒有些細菌能積累多聚葡糖在細胞質中。多糖顆粒一般以肝糖或澱粉粒的形式存在。用碘液染成紅棕色的是肝糖粒，染成藍色的是澱粉粒。
聚β-羥丁酸顆粒顆粒是易被脂溶性染料著色的脂肪顆粒。
硫粒硫粒存在於硫細菌中。液泡和氣泡有些細菌細胞中有氣泡；許多細胞衰老時，出現液泡。用中性紅染色時，可以顯示出來。它可起調節滲透壓的作用。
伴孢晶體 有的芽孢杆菌，如蘇芸金杆菌在芽孢形成過程中，能同時形成一個菱形的伴孢晶體。它是一種堿性的蛋白質，對多種昆蟲有不同程度的毒殺作用。
不同微生物其貯藏內含物是不同的；同一種菌種在不同的培養條件下，內含物的成分也會不同；但同一種菌種在相同的環境條件下，內含物是一定的。
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