一、水質微生物及指示菌
在各種水體，特別是汙染水體中存在有大量的有機物質，適於各種微生物的生長，因此水體是僅次於土壤的第二種微生物天然培養基。水體中的微生物主要來源於土壤，以及人類的動物的排泄物及汙染。水體中微生物的數量和種類受各種環境條件的製約。
一般認為，水中微生物以革蘭氏陰性杆菌占有較大優勢。與其他水體相比，河水及溪水中革蘭氏陽性菌相對較多，這是因為陸地微生物衝洗汙染的緣故。
水體中的致病性微生物一般並不是水中原有微生物，大部分是從外界環境汙染而來，特別是人和其它溫血動物的糞便汙染。水中常見的致病性細菌主要包括：誌賀氏菌、沙門氏菌、大腸杆菌、小腸結炎耶爾森氏菌、霍亂弧菌、副溶血性弧菌等。
在實際控製中，對水質衛生質量的評價和控製，是無法對各種可能存在的致病微生物一一進行檢測，而一般利用對指示菌的檢測和控製，來了解水體是否受到過人畜糞便的汙染，是否有腸道病原微生物存在的可能，從而評價水的質量，以保證水質的衛生安全。
目前，世界各國一般認為大腸菌群是指示水質受糞便汙染較好的指示菌。
我國水質控製也采用大腸菌群作為指示菌，GB5749-85《中華人民共和國國家標準 生活飲用水衛生標準》規定，生活飲用水中大腸菌群每升不得超過3個。
在某些情況下，水體中的細菌總數也可指示水體受糞便等汙染物汙染的情況。這裏的細菌總數其實是指營養瓊脂培養後形成的菌落總數。目前世界各國對於控製飲用水的衛生質量，除采用大腸菌群等指標外，一般還采用細菌總數這個指標。我國GB5749-85《中華人民共和國國家標準 生活飲用水衛生標準》中規定生活飲用水細菌總數每毫升不得超過100個。
二、水質微生物檢驗方法
GB5750-85《中華人民共和國國家標準 生活飲用水標準檢驗法》提供了水質中細菌總數和總大腸菌群的檢測方法。
（一）細菌總數的檢測：
國家標準中，細菌總數是指1ml水樣在營養瓊脂培養基中，於37℃經24h培養後，所生長的細菌菌落的總數。
對生活飲用水，直接吸取1ml水樣於平皿中，加入營養瓊脂後混勻，37℃培養24h，進行計數。
對水源水，根據情況對樣品進行10倍梯度稀釋，選擇適宜稀釋液1ml，加注平皿，營養瓊脂混勻，37℃培養24h，進行計數。
按照規定格式報告每毫升水中細菌總數。
（二）總大腸菌群的檢測：
國家標準中，利用總大腸菌群作為糞便汙染的指標。總大腸菌群是指一群需氧及兼性厭氧的，37℃生長時能使乳糖發酵，在24h內產酸產氣的革蘭氏陰性無芽胞杆菌。水樣中總大腸菌群數的含量，表明水被糞便汙染的程度，而且間接地表明有腸道致病菌存在的可能。
國家標準提供了多管發酵法及濾膜法檢測總大腸菌群的方法。
多管發酵法檢測總大腸菌群，分為三步：初發酵試驗，平板分離，複發酵證實試驗。初發酵試驗，采用乳糖蛋白腖培養液37℃培養24h，觀察產酸產氣情況。對陽性管培養物，接種於品紅亞硫酸鈉培養基或伊紅美藍培養基，觀察菌落特征，並進行革蘭氏染色和鏡檢。對典型和可疑菌落，接種於乳糖蛋白腖培養液，進行複發酵證實試驗，並根據標準所附檢數表報告結果。
其中，對生活飲用水，初發酵試驗接種水樣總量300ml，即100ml接種2管，10ml接種10管，采用兩個稀釋度，12支發酵管。對水源水，初發酵試驗接種水樣總量55.5ml，即10ml接種5管，1ml接種5管，0.1ml接種10管，共采用三個稀釋度，15支發酵管。兩種接種方法，所用的檢數表是不同的。
濾膜法檢測總大腸菌群，就是利用微孔濾膜，過濾一定量水樣，將水樣中含有的細菌截留在濾膜上，然後將濾膜帖放在選擇性培養基上（如品紅亞硫酸鈉培養基），經培養和證實試驗後，直接計數濾膜上生長的典型大腸菌群菌落，並計算出每升水樣中含有的總大腸菌群數。
三、說明：
1．菌落總數測定中，應選擇合適的稀釋度進行。生活飲用水，國家標準規定每毫升不得超過100個，因此可以直接吸取1毫升到平板進行培養。
2．培養時間。與食品中菌落計數不同，測定水中細菌總數，培養時間采用24h。
3．總大腸菌群的測定方法，由於飲用水和水源水可能的汙染程度不同，因此采用不同的接種量，檢數表也不相同。
4．當接種量超過1毫升時，一般采用多倍濃度培養液。如配製3倍濃縮乳糖蛋白腖培養液50mL，加入100mL水樣後，總體積為150mL，培養液恢複到正常濃度。
5．濾膜法檢測總大腸菌群，一般在檢測較大量低濁度水樣時采用，大量水樣濾過濾膜後，水中所含有的所有細菌均截留在濾膜上。
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